Первая и древнейшая церковь в Нововоторжском Борисоглебском монастыре была каменная, с одним престолом. Сооружена она была в 1038 г. во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба преподобным Ефремом и трудами ученика его преподобного Аркадия. В ней они оба были погребены после кончины.
В 1577 г., вскоре после открытия св. мощей преподобного Ефрема, архимандритом монастыря Мисаилом в церкви, построенной преподобным, с правой стороны, построена была придельная церковь во имя новоявленного Новоторожского чудотворца, преподобного Ефрема; а в 1589 г. с левой стороны - другая, во имя св. богоотец Иоакима и Анны.
В 1784 г. при преосвященном Иоасафе, епископе Тверском, и архимандрите монастыря Макарии постановили старую каменную церковь, построенную преподобным Ефремом, разобрать и построить новую. Древний иконостас каменной церкви частью помещен был в 1786 г. в новоосвященной Входоиерусалимской церкви.
При заложении нового храма, соборной трёхпрестольной Борисоглебской церкви, присутствовала лично Императрица Екатерина II, своими руками 9 июня 1785 г. положила она первый краеугольный камень. Построение всего собора, сооружение иконостаса и живопись святых икон производились под смотрением сведущего в архитектуре действительного статского советника и кавалера Николая Александровича Львова и ново-торжского архитектора Франса Ивановича.
Все местные большие и малые иконы были писаны в 1795 г. известным художником Российской Императорской Академии поручиком Боровиковским. Иконостас был сделан деревянный, резной, покрыт червонным золотом. Храм устроили с тремя престолами в одну линию. Придел Иоакима и Анны переименован в новом храме в придел Великомученицы Екатерины, в честь императрицы Екатерины.
В 1839-40-х г.г. храм был обновлён, переделан и освящен Преосвященнейшим Григорием на новом антиминсе 1 июня 1841 г., при архимандрите Сергии III. Купол храма - шарообразный, наподобие храма Христа Спасителя в Иерусалиме. Среди храма, на правой стороне, между колоннами, на довольно возвышенном пьедестале были поставлены мощи преподобного Ефрема в серебряной раке, под бронзовой сенью, украшенной венецианским бархатом с золотою бахромою и кистями, а на левой стороне, на таком же пьедестале и под такой же сенью, помещена была серебряная рака с мощами преподобного Аркадия. Внутренние стены и колоны были сделаны под мрамор. Престолов сооружено три: средний - во имя св. благоверных князей Бориса и Глеба, на правой стороне - во имя преподобного Ефрема, а на левой - во имя преподобного Аркадия. Главный престол был сделан из серебра, с колоннами и карнизами и местами позлащён. До революции внутреннее убранство собора оставалось таким же. До наших дней сохранялось только здание пятикупольного собора в стиле классицизма с безупречностью пропорций, но иконы, писанные А. Боровиковским, почти все погибли.
Теплая Введенская каменная церковь с колокольней воздвигнута была в 1620 г. на месте древней деревянной церкви, истреблённой поляками в начале XVII в. В ней был сожжён архимандрит Константин с братией. В 1879 г. при архимандрите Антонии усердием купца И.К. Штанковского на левой стороне сей церкви устроен придел во имя св. праведных Богоотец Иоакима и Анны, который был освящен в том же году.
Между Введенской церковью и настоятельскими кельями стоит небольшая каменная, вероятно, построенная в 1717 г., церковь, бывшая долгое время без иконостаса и освящения. После того как разобрали древнюю Борисоглебскую церковь, она была снабжена старым иконостасом и образами. В 1786 г. освящена архимандритом Макарием II по благословению Тверского Архиепископа Иоасафа во имя Христа Спасителя, в воспоминание Входа Его в Иерусалим.
На месте бывшей каменной церкви Воздвижения Честного Креста Господня в 1804-1811 г.г. построена церковь над святыми вратами во имя Спаса Нерукотворённого Образа с колокольней в три яруса. Колокольня своей стройностью и красотой придаёт величественный вид всей обители.
Последним сооружением Борисоглебского монастыря стала Свечная башня, построенная в 1809 г. Она завершила комплекс монастырских башен и стен, строившихся с 1734 г. В ней располагалась монастырская библиотека, в которой по преданию Карамзин работал над своей "Историей государства Российского".
При монастыре были построены две каменные часовни: первая, сооружённая в 1811 г., находилась непосредственно при монастыре; другая, уступленная Городской думой в 1807 г., располагалась у реки Тверцы.
В 1717 г. был построен настоятельский корпус, каменный, в два этажа. Другой корпус, совершенно отдельный, тоже каменный, двухэтажный, состоял из одних братских келий и устроен был в 1818-19 г.г. В ряду монастырской стены, рядом с колокольней, в 1811 г. выстроен двухэтажный флигель. В нижнем этаже помещались странники и приходящие богомольцы. Кроме того, внутри монастыря имелся одноэтажный каменный флигель, примыкавший к настоятельским келиям, где помещались разные монастырские службы.
Информация с сайта монастыря, http://новоторжский-борисоглебский-монастырь.рф/xramy-i-svyatyni/4-xramy.html