Название "Дальняя Троица" говорит о том, что в городе была ещё одна Троицкая церковь, которую называли Ближней (снесена в 1936 году). Троицкий храм стоит на месте монастыря, упоминаемого в писцовой книге города Торжка за 1625 год. В частности, в ней имеются следующие строки: "..По конец посаду вверх по Тверце по реке монастырь Троицкой, а в нем храм Живоначальная Троице костровой верх... а в монастыре строитель старец Александр". В 1668 году монастырю была дана грамота от царя Алексея Михайловича на земли и угодья, за ним было 63 души крестьян. В 1687 году монастырь был приписан к Новгородскому архирейскому Софийскому дому. В 1760 году в монастыре на средства купца Г. В. Мишурина был построен каменный храм, сохранившийся до нашего времени. В 1765 году монастырь был закрыт и обращён в приходскую кладбищенскую церковь во имя Живоначальной Троицы.
В 1849 году храм в Дальней Троице обновлялся на средства жертвователя - новоторжского купца Григория Васильевича Мишурина. Была возобновлена настенная живопись, сделан новый иконостас, выстроена каменная колокольня. В 1930-е годы Троицкая церковь была закрыта. Одно время в ней размещался архив, склад колхоза им. Карла Маркса. Долгое время храм пустовал и разрушался. В 1950-е годы церковь открывали для богослужений, а затем её опять закрыли.
В начале 1990-х годов началось возрождение храма силами прихожан. Инициатором и организатором восстановительных работ был художник Евгений Мушкин. В 1993 году Троицкий храм возвращён РПЦ. На кладбище в Дальней Троице покоятся многие именитые люди. Среди них - купец Е. М. Елизаров. В мае 1856 года у него в доме побывал драматург Д. Н. Островский. Об этом есть запись в дневнике писателя: "Вечером ездили с учителем к купцу Елизарову Ефрему Матвеевичу. Законник и собиратель разных древних рукописей в Торжке".
14 января 1972 года деревня Дальняя Троица была включена в черту города, а 27 января того же года решением Горисполкома кладбище в Дальней Троице закрыто. Многие старые надгробия были уничтожены, украдены или опрокинуты на землю. Среди поверженных надгробий на Троицком кладбище рядом с алтарной частью втоптан в землю надгробный камень с выбитой надписью: "Священник Иоанно-Предтеченской церкви Павел Цветков". Сведения о нём встретились в документах Новоторжского уездного земского собрания за 1868 год, на котором гласный А. Д. Бакунин сделал такое сообщение: "Священник Ивановской церкви Торжка Павел Цветков изъявил готовность безвозмездно обучать детей в приюте для малолетних, подвергаемых тюремному заключению, и до сей поры он постоянно посещал арестантов, содержащихся в помещении при 5-м мировом участке, причем наставления его имели самое благотворное влияние на исправление нравственности арестантов". Земское собрание по предложению Бакунина вынесло благодарность священнику за его подвижничество.
Из книги: Справочное издание. Смирнова О. С. "Монастыри и храмы земли Тверской". - Минск, ООО "Принтхаус", 2011