В 1680 году в Марковом монастыре произошло несчастье – пожар, который, возможно, не был случайным, но достоверных подтверждений тому, что это был поджог, нет. Тогда дотла сгорели обе церкви обители. Казанскую икону Божией Матери, дар царя Алексея Михайловича и патриарха Никона, удалось спасти.
Древние православные шляхетские роды переходили постепенно в католичество. Так произошло и с родом Острожских, и с родом Огинских. Стал католиком и сын Льва-Самуила Огинского Симеон-Карл. Но все же сын исполнил завещание отца и в 1687 году подтвердил дарственную отца на имения Марково и Шидловское, а в 1690 году начал восстановление монастыря. Любопытно, что в одном из подтверждающих документов было сказано, что если иноки монастыря решат перейти в униатство или католицизм, то Марков монастырь будет лишен всяческой поддержки С.-К. Огинского, что, несомненно, было сделано по воле Л.-С. Огинского.
Нужно было заново отстроить храм, и в течение 1690–1691 годах была возведена соборная церковь во имя Святой Троицы. Она была освящена 31 июля 1691 года – в день Святого Духа. На память об этом вырезали надпись на деревянном восьмиконечном кресте, который долгое время хранился в храме, а в конце XIX века был передан в Витебский церковно-археологический музей.
О внутреннем устройстве храма достаточно подробно говорится в книге А.В. Русецкого и Ю.А. Русецкого «Художественная культура Витебска». По приведенным в ней воспоминаниям современников, это был уникальный деревянный храм, который опоясывала открытая галерея со множеством деревянных, украшенных искусной резьбой колонн. Сам храм был четырехсрубным, его венчали пять куполов. Особенностью церкви была богатая роспись, изображавшая различные библейские сюжеты. Росписи были сделаны на наклеенном на стены полотне Павлом Игнатовичем и вольноотпущенным бывшим крепостным мастером Иваном, сыном Сергеевым.
Вот что писал об этой уникальной росписи много позднее, уже в XIX веке, иеромонах Маркова монастыря Сергий: «Осмотритесь только внимательно и с большим уважением, и вы прочтете здесь всю святую Библию, узнаете всю историю – и старозаветную, и евангельскую, и всей воинствующей Церкви на земле, вплоть до окончания самых последних часов ее существования, которые открыты в Апокалипсисе».
В 1890-х годах архимандрит Иларион начал перестройку Свято-Троицкой церкви и едва не закрасил уникальную живопись на наклеенных на стенах холстах, однако все же внял настоятельным просьбам витебских краеведов А.П. Сапунова и Е.Р. Романова и оставил старинные росписи.
Иван Стрельцов «Марков монастырь. Святыни Белой Руси», 10 сентября 2012 г., http://pravoslavie.ru/55995.html