История создания храма восходит к событию явления Богородицы 14-летнему безнадежно больному мальчику Коле Грачёву 3 декабря 1890 г. Событие это произошло в доме №1 по Большой Белозерской (ныне Воскова) улице. Пресвятая Богородица, велела мальчику ехать на другой конец города к чудотворной иконе "Всех скорбящих Радость (с грошиками)", которая находилась в Тихвинской часовне стекольного завода на Шлиссельбургском тракте, нынешнем пр. Обуховской Обороны.
6 декабря 1890 г., в Николин день, Николай с помощью старшей сестры Екатерины добрался до Тихвинской часовни и, приложившись к чудотворной иконе, мгновенно исцелился и сам пешком вернулся домой на глазах многочисленных свидетелей.
История казалась невероятной. Обер-прокурор Святейшего Синода К. П. Победоносцев организовал специальное расследование этого случая, которое подтвердило факт исцеления. Архимандрит Игнатий (Малышев), настоятель Троице-Сергиевой пустыни в Стрельне, приехал к Грачевым домой и со слов Екатерины составил описание чуда. Подробные рассказы о случившемся появились в «Церковных ведомостях» от 8 апреля 1891 г., газетах «Свет» и «Петербургский листок». Дом №1 по улице Большой Белозерской стал местом паломничества – это было единственное место явления Божией Матери в Петербурге.
Позже Архимандрит Игнатий выкупил двухэтажный деревянный дом, где жил исцелившийся. 4 декабря 1894 г. стараниями Екатерины Грачёвой в доме был официально открыт приют для неполноценных детей, в одной комнате устроена небольшая Скорбященская часовня, освященная 24 октября 1897 г.
1 сентября 1898 архиепископ Финляндский и Выборгский Антоний освятил часовню как церковь в присутствии вел. кн. Елизаветы Маврикиевны и обер-прокурора К. П. Победоносцева. Приписали ее к соседнему Введенскому храму. Двухъярусный иконостас и утварь пожертвовала Троице-Сергиева пустынь. Хоругви и сень вышили воспитанники приюта.
После смерти архимандрита Игнатия в 1997 г. дело продолжили его духовные чада во главе с гр. О. Д. Апраксиной, которые в 1900 г. создали Братство во имя Царицы Небесной для помощи психически больным детям. В 1901–1902 гг. по проекту архитектора Н. П. Козлова Братство выстроило на участке четырехэтажный дом, где разместились 110 детей-инвалидов, школа и курсы медсестер по уходу за ними. Тот же зодчий сочинил проект корпуса с церковью, но он не был реализован. В 1903 г. покровительницей приюта стала Императрица Александра Федоровна, и начались поиски средств для его расширения и сооружения нового храма.
После того как банкир Я. И. Утин пожертвовал 125 тысяч рублей и были улажены споры с Введенской церковью, митрополит Владимир 14 июня 1913 г. заложил угловое с главками здание в романском стиле по проекту архитектора А. И. Балинского, оконченное после его смерти И. И. Яковлевым. Тот же митрополит освятил на втором этаже 11 июня 1915 г. двусветный храм на 800 человек. Алтарь храма находился там, где случилось чудесное явление Богоматери, а на месте самого явления стоял в белом киоте храмовый образ. На углу к зданию пристроили часовню. Перед революцией Братство призревало около 200 детей. Оно имело филиал близ станции Райвола (Рощино) с Сергиевским храмом, а также отделения в других городах. Церковь была закрыта 19 марта 1918 г. при о. Иоанне Васильевиче Титове, затем открыта как приходская, снова закрыта, но летом 1920 г., под давлением верующих, опять стала действовать, но 11 октября 1923 г. закрыта окончательно. Имущество отдано в Введенскую церковь.
Ныне здание занято музыкально-педагогическим колледжем, а церковь – концертным залом. 17 декабря 1990 г. митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Иоанн освятил на прежнем месте Скорбященскую часовню, приписав ее к Князь-Владимирскому собору. 30 мая 1996 при ней создан приход, который устраивает молебны и чтение акафистов. 3 мая 2000 г. в часовне, на переносном антиминсе отслужена первая литургия.
Что касается Николая Грачёва, то в 1901 г. он постригся в Троице-Сергиевой пустыни, а с 1906 г. служил в церкви при приюте.
