Аптекарский остров образуется течением реки Большой Невки и речки Карповки. По высочайшему указу императора Петра I от 11 февраля 1714 года остров отдан в медицинское ведомство для сеяния на нем лекарственных трав и цветов, оттого и назван Аптекарским. С того же года начали бесплатно давать на нем места разным медицинским чинам и посторонним людям под постройку домов, а служителям аптекарским, сверх того, выдавать по 10 руб. на вспоможение при постройке домов.
В 1732 г. находившееся в С.-Петербургской крепости аптечное строение переведено на Аптекарский остров в медицинский огород, в нем с того времени начата постройка оранжерей, теплиц и других зданий. До 1808 года Аптекарский остров состоял в приходе Сампсониевской церкви, что на Выборгской стороне.
В 1808 г. министр внутренних дел князь Алексей Борисович Куракин представил на Высочайшее усмотрение, что в заведениях медицинского ведомства на Аптекарском острове находящихся, считается разного звания, возраста и пола до 300 душ, и жители Аптекарского острова не имеют удобного сообщения с Сампсониевскою церковью, отчего в исправлении духовных треб встречаются большие затруднения, а особливо весною и осенью во время прекращения сообщения через Большую Невку. В силу этого представления, 27 мая 1808 г. последовало высочайшее повеление устроить церковь на Аптекарском острове, и, по сношении г. министра с митрополитом Амвросием, церковь тогда же была устроена в готовом каменном здании на набережной Большой Невки, подле ботанического сада, и 6 августа того же (1808) года освящена в честь Преображения Господня Петропавловского собора протоиереем Иоанном Семеновым.
Церковь эта занимала южную часть помянутого здания, а другая часть была занята архивом 3-й экспедиции министерства внутренних дел, переименованной потом в медицинский департамент. Она имела небольшую колокольню, а над алтарем крест, деревянную пристройку для паперти и деревянный навес у окон со стороны ботанического сада, для стояния под ним прихожан в летнее время, так как церковь была довольно тесна…
Церковь эта, по устроении новой, закрыта была 21 июля 1846 г. и по переделке присоединена к архиву, а иконостас ее и многие иконы (числом 27, большею частью работы академика Степана Бессонова) по соглашению министерства внутренних дел с епархиальным начальствомъ 9 августа 1846 г. переданы действит. стат. советнику Александру Политковскому, по просьбе его, для доставления в церковь села Сменцова, находящегося в Мышкинскомъ уезде Ярославской губернии, где погребено тело отца его, тайного советника Гавриила Герасимовича Политковского, принимавшего в 1808 г. по званию управляющего 3-ю экспедициею министерства внутренних дел деятельное участие в устройстве церкви на Аптекарском острове.
По причине тесноты и неудобства описанной церкви начальство министер. внутрен. дел постоянно заботилось о приобретении средств устроить новую, и еще в 1834 г. г. министром Дмитрием Николаевачем Блудовым предварительно испрошена была высочайшая воля построить на Аптекарском острове, в числе других зданий, новую церковь. Наконец, 21 декабря 1839 г. управлявший министерством внутр. дел граф Александр Григорьевич Строганов представил на высочайшее утверждение план и фасад однопрестольной каменной церкви, составленные профессором архитектуры Константином Андреевичем Тоном, и тогда же при непосредственном наблюдении г. Тона возложено было построение церкви на строительную комиссию министерства внутр. дел. Председателем этой комиссии во все время постройки церкви был действ. стат. совет. Алексей Григорьевич Гомзин, а членами стат. сов. Андрей Иванович Желтоухов и коллеж. асесс. Николай Федорович Бакуринский.
Весною 1840 г. приступлено было к земляной работе, бойке свай и кладке фундамента для храма, 7 июля того же года происходила закладка оного, с крестным ходом из прежней церкви, и в том же году здание выведено до верхнего карниза; в 1841 г. храм постройкою вчерне окончен и 14 сентября воздвигнуты по освящении кресты на главы его; в 1842 г. выведены нижние своды, оштукатурены стены и вызолочены по маслу главы; в 1843 г. производилась внутренняя отделка и печная работа.
В 1844 г. храм приведен был как по внутреннему, так и наружному устройству к окончанию, и только отложено было освящение оного потому, что г. министр внутр. дел граф Лев Алексеевич Перовский, просвещенной распорядительности которого храм обязан особенно своим благолепным устройством, нашел неудовлетворительно написанными академиком Сазоновым изображения евангелистов на парусах главного свода. В мае, июне и июле 1845 г. эту работу выполнил вновь знаменитый профессор живописи Карл Павлович Брюллов.
За сим приступлено было к распоряжениям об освящении храма, которое и предполагалось совершить в храмовой праздник 6 августа, но за болезнью митрополита Антония, который желал сам освятить храм, было отложено. Но так как болезнь его продолжалась, то, по его назначению и согласно желанию министра, освящение совершено в воскресный день 16 сентября 1845 г. благочинным кафедральным протоиереем Иоакимом Кочетовым.
Построен храм на счет операционно-экономических сумм департамента казенных врачебных заготовлений, коих употреблено на все устройство с внутренним благолепием и ризницею 85 000 руб. серебр. (Департамент в 1859 г. передан в ведомство военного министерства и в 1860 г. утратил свое название, войдя в состав военно-медицинского департамента). В 1873 г. храм поступил в военное ведомство.
Храм Преображения Господня каменный, однопрестольный, архитектуры русско-византийской, о пяти главах; имеет вид продолговатого четырехугольника, с круглыми полуколоннами по углам и небольшим выступом; имеет три больших входа с гранитными крыльцами и два малых: один в алтарь, а другой в подвал, где устроены две коробовые печи, нагревающие храм посредством отдушников; колокольня в арке западной стены храма. Размер храма по наружности: длины 12 саж., ширины 7 саж. 1 арш. и вышины с крестом средней главы 14 сажень.
Он находится на вновь открытой площади, возвышенной насыпью на 4 арш. против прежнего уровня. От него идут со склоном усаженные по сторонам деревьями улицы, называемые Церковными, две со сквером между ними к востоку на набережную Большой Невки, одна на юг в Песочную улицу и одна на север к Аптекарскому проспекту; с западной стороны за железною решеткою раскинут обширный парк.
Внутренность храма разделяется на три части. Алтарь и паперть отделяются от церкви стенами, и над первою во всю его величину устроена ризница, а над второю находятся хоры с перилами, украшенными позолотою. Внутри церкви колонн и столбов нет, а свод ее, что весьма замечательно в строительном искусстве, на одних стенных упорах держит пять глав, из коих средняя - с просветом.
Иконостас деревянный, резной, вызолоченный, с резными колоннами, имеет три яруса и венчается крестом; во второй и третий ярус лампады для свечей поднимаются на шнурах по блокам. Св. иконы писаны разными художниками, частью оригинальные, частью же копии с оригиналов знаменитых художников; все они поставлены в церкви по предварительном одобрении совета академии художеств и отличаются сообразностию с духом православной церкви. На стенах живописи нет и только на своде церкви в четырех угловых больших медальонах написаны по штукатурке масляными красками евангелисты, прочие части свода великолепно украшены лепною вызолоченною работою. Утварью, ризницею, церковными книгами и звоном снабжен храм достаточно.
Как на замечательные в художественном отношении предметы, находящиеся в храме, можно указать на следующие иконы, писанные знаменитым профессором живописи К.П. Брюлловым:
- две местных в иконостасе иконы, написанные на холсте в древнем греческом стиле, представляют Спасителя и Божиею Матерь с предвечным Младенцем, в древних царских венцах и одеяниях, сидящими на престолах. Эти иконы высоко ценятся знатоками искусства. С них постоянно снимаются художниками копии, и уже весьма много снято их для разных церквей;
- четыре иконы евангелистов в больших медальонах главного свода, писанные по штукатурке масляными красками, суть единственная в этом роде живописи работа К. Брюллова, подобной которой по превосходному сочинению, выражению ликов, сочетанию красок и другим достоинствам художники не находят. Несмотря на высоту свода, где написаны иконы, было несколько опытов снятия копий с них.
Для нравственной пользы прихожан заведена при церкви библиотека. В 1846 г. испрошено было разрешение г. министра внутр. дел употреблять из церковных сумм ежегодно на покупку духовно-нравственных книг для церковной библиотеки до 30 руб. сер. Этим средством, а особенно пособием из собственного иждивения церковного старосты, 2 гильдии купца Захара Алексеева число книг библиотеки доведено до 400 томов.
Высочайше утвержденным докладом министра внутренных дел 1 августа 1808 г. положено определить к церкви священника и двух церковников, но определен был один церковник по малоприходству и ограниченности жалованья. По штату 5 мая 1860 г. положено: священнического жалованья 400 руб. и добавочного настоящему протоиерею 200, всего 600 руб., дьячку 60 руб. и на расходы церкви 57 руб. 15 коп. Земли церковь не имеет никакой. Церковь не имеет собственных строений; причт помещается в особом деревянном доме, который устроен для него в 1833 г. от министерства, и на отопление производятся от оного натурою дрова, по числу печей в квартирах. Причт сей церкви подчинен С.-Петербургскому епархиальному начальству и состоял, до поступления в военное ведомство, в благочинии Петербургской стороны.
«Историко-статистические сведения о С.-Петербургской епархии» Выпуск 6, Санкт-Петербург, 1878 г. Напечатано в синодальной типографии.