Кирпичный Покровский храм возведен в 1754 г. вместо древнейшей в городе деревянной церкви, бывшей до 1667 г. соборной. Исследователи отмечают редкий факт - при городском Покровском соборе в кремле в древности находилось кладбище. В 17 в. на этом месте стояли две деревянные церкви - Покровская и Алексиевская. В 1678 г. Алексиевская соборная церковь “без пения стоит пуста, и соборные священники в ней не служат” (В. Борисов), видимо, вскоре она и была разобрана. После исчезновения Алексиевского храма (вторая половина 17 в.) покровские прихожане продолжали отмечать память Святителя Алексия, Человека Божия. В Воскресенском соборе (получившем статус городского собора вместо Покровского в середине 17 в.) хранился антиминс разрушеного Алексиевского собора с надписью “Освятится алтарь Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа в церкви преподобного отца Алексея, Человека Божия, лета 7155 (1647) году, мая в 8-й день…” ). До начала 19 в. рядом с Покровской летней церковью (1754 г.) в 50-70 м к западу (в районе ресторана Шуя) находилась каменная церковь Иоанна Предтечи (1773 г.). Предтеченская церковь “по причине ветхости разобрана в 1814 г. и употреблена на новы приделы” (Священник Василий Миловидов). На месте разобранной Предтеченской церкви была часовня, уничтоженная в годы революции. После перестройки 1814-1816 гг. в храме было три престола. Главный – Покровский (старая часть храма – четверик, построенный в 1754 г.), придельные – Иоанна Предтечи и Крестителя Господня и Великомученика Федора Стратилата (один престол – в честь строителя Федора Корнилова) в широкой трапезной, возведенной в 1814-1816 гг. До начала 90-х гг. в нишах по сторонам от главного входа оставались следы фресок – изображений Иоанна Предтечи и Федора Стратилата.

Колокольня возведена в 1814-1816гг. (некоторые исследователи связывают авторство колокольни Покровской церкви с итальянцем Я. Маричелли, строившим колокольню Воскресенского собора в Шуе, колокольню в Лежнево). Шпиль колокольни был обшит английской жестью (1852г.) и вызолочен (около 1910г.). Колокол большой “примерно-звучный” был отлит усердием прихожанина почетного гражданина Ф.Г. Попова. Колокольня и главы Покровской церкви вместе с колокольней и главами соседних бесприходных церквей (Никольской при городской тюрьме и Васильевской при Киселевской больнице), отстоящих на расстоянии 30-50 м составляли единый архитектурный ансамбль. В 1814-1816 гг. изменен фасадный декор храма и на средства Ф.И. и А.И. Корниловых пристроена новая трапезная с колокольней. В 1848 г. усердием И.Н. Корнилова сооружена ограда с церковной лавкой в юго-западном углу (ограда окончательно утрачена в 90-е гг., помещение церковной лавки сохранилось – Ч.Д.)…

Своеобразный храм, в облике которого региональные традиции, свойственные памятникам суздальской школы, сочетаются с формами классицизма. К высокому двусветному четверику с тремя сильно выдвинутыми, вдвое более низкими апсидами последовательно примыкают равновысокие апсидам небольшая первоначальная трапезная и обширная новая – квадратная, со скругленными углами. Над западной частью последней возвышаются три яруса колокольни (нижний – четырехгранный с полуярусом, два верхних – восьмерики с узкими диагональными гранями), перед которой с запада устроен притвор. Существующее ныне убранство фасадов четверика – результат двух этапов строительства. Углы здесь фиксированы широкими пилястрами в первом ярусе и сдвоенными полуколонками – во втором. Два окна второго света, первоначально имевшие лучковые перемычки (сохр. на южном фасаде), украшены треугольными сандриками. Под обвалившейся местами штукатуркой видны следы первоначальных наличников в духе нарышкинского барокко с фигурными фронтонами… Очень высокое пространство основного четверика, перекрытого сомкнутым сводом, контрастирует с низкими апсидами, имеющими цилиндрические своды, переходящие в конхи, и первоначальной трапезной с полулотковым сводом. Новая трапезная с четырьмя крещатыми столбами перекрыта системой вспарушенных сводов на подпружных арках, с лотками на скругленных углах. В четверике и старой трапезной сохранились франменты клеевой росписи 1812 г., выполненной в традициях 2-й пол. 18 в. (роспись этого периода осуществлялась на средства А.И. Корнилова; приделы около 1836 года расписаны Епифаном Алексеевичем Медведевым из Тейкова)... Над входом в паперть в начале XX века было изображение Покрова Божией Матери, по сторонам входных дверей снаружи справа – Святителя Иоанн Предтечи, слева - Великомученика Федора Стратилата.

Свод памятников архитектуры и монументального искусства России: Ивановская область, ч. 3. М.: Наука, 2000

До закрытия в 30-х годах в ризнице и библиотеке церкви хранился значительный набор церковно-археологических реликвий. В Покровской церкви находилась лучшая в Шуе подборка икон 16-18 вв. (по свидетельству краеведов конца 19 в.). Пять из них находились на особом учете во Владимирской епархии. Это работы Шуйских иконописцев – “Покров Пресвятой Богородицы” (1652 г.) Григория Утешова, иконы “Всех Скорбящих Радость” (1747 г.), “Св. Иоанн Воин с житием” (1747 г.), список с иконы Шуйско-Смоленской Божьей Матери (1745 г.) Ивана Болотова.
Чудотворная икона Иоанна Воина была передана в Покровскую церковь после упразднения городского суда в 1867 г. Второй по чтимости в Шуе и округе (после чудотворной иконы Шуйско-Смоленской Божьей Матери, находящейся в Воскресенском соборе) была икона Святого Иоанна Предтечи (по-преданию, дар Ивана Грозного), хранившаяся в Покровской церкви.  Церковная библиотека насчитывала около 200 томов (в 1884г.), среди которых Евангелие конца 16 в (не позднее 1601 г.), а также коллекция царских указов и манифестов 18 в. (35 документов) Приход Покровской церкви в Шуе и деревне Набережной состоял из 109 дворов, 412 мужчин, 508 женщин (1898 г).

Иванов Ю.А. Провинциальная культура и церковь/Из истории города Шуи в 19-начале 20 вв./ Исторические очерки. Шуя. ШГПИ-РИО, 1994

Церковь Покрова Пресвятой Богородицы зданием каменная, с таковою же колокольнею, пятиглавая; ограда при ней из белого камня с железными решетками. В писцовых книгах 1629 г. Афанасия Векова сказано: «в осыпи в кремле соборная церковь Покрова Пресвятой Богородицы да в приделе – Иоанна Предтечи и благородного князя Владимира Киевского древяна…» Из описания видно, что Покровская церковь была прежде соборною, в приходскую обращена она была в 1667 г. О причинах переименования ее в приходскую сказано в истории Воскресенского собора. В память прежнего первенства Покровской церкви между Шуйскими церквами за ней остается название собора: именуется она Старым Покровским Собором.

Существующая ныне церковь построена в 1754 г., как видно из надписи на храмозданном кресте. Из приделов, бывших при прежнем храме, Владимирский был упразднен, а Предтеченский устроен вновь – каменный, отдельно от главного храма, в саженях 30-40 к западу, но одновременно ли с устроением главной церкви или после – неизвестно. На плане, составленном в 1771 г. землемером Хомяковым, храм во имя Иоанна Предтечи значится отдельным.

В сохранившейся описи Старого Покровского Собора, составленной в 1786 г. Покровским священником Иваном Григорьевым, сказано: «Вторая церковь каменная Иоанна Предтечи, теплая; в ней кровля деревянная, глава и крест деревянные же». Впоследствии священником Василием Миловидовым в этой описи о Предтеченской церкви отмечено: «По причине ветхости разобрана в 1814 г. и употреблена на новые приделы», устроенные при главном храме, из коих один во имя Предтечи, а другой - во имя Федора Стратилата. Место, где отдельно стояла эта церковь, обозначено каменным столпом. Таким образом, в церкви три престола: в настоящей - в честь Покрова Пресвятой Богородицы и в придельной – во имя Иоанна Предтечи и Крестителя Господня и во имя св. вмч. Федора Стратилата.

В главном алтаре на престоле и жертвеннике – облачения медные высеребрянные, с вызолоченными через огонь священными рельефными изображениями на них; ограждены позолоченными рамами, с бемскими стеклами. Устроены облачения в 1873 г. усердием церковного старосты И.М. Терентьева. За престолом деревянный восьмиконечный крест, с изображением Распятия Господня, на Спасителе венец сребропозлащенный со стразами. За жертвенником – икона Божией Матери Тихвинской, на иконе венец и цата сребропозлащенные, оплечье и оклад серебряные, убрус жемчужный. Иконостас резной, с колоннами о 5 ярусах, вызолочен на полимент червонным золотом. Св. иконами, утварью и ризницею церковь очень богата.

Из св. икон особенное внимание заслуживают:

- икона Покрова Пресвятой Богородицы, очень древняя; на задней стороне доски есть надпись: «Лета 1652 г. сентября 1 дня поставил сию икону в соборную церковь Покрова Богородицы Григорий Утешов иконник». На иконе риза сребропозлащенная, весу в которой 12 фунтов;

- икона Шуйской – Смоленской Божией Матери в ризе сребропозлащенной с таковым же венцом, украшенным драгоценными камнями, убрус жемчужный, на верху его звезда из семи алмазов, весу в ризе 15 фунтов. «Сей св. образ приложен в церковь Иоанна Предтечи по обещанию Настасьи Григорьевны Обуховой на память их сродников, кои при этой церкви положены…» Писал сей святой образ города Шуи иконописец Иван Болотов;

- икона св. Иоанна Предтечи, древняя, греческого письма, в сребропозлащенной ризе. На св. Иоанне Крестителе риза накладная жемчужная. На задней стороне доски находится надпись: «Царя Ивана Васильевича 7108 (1600) г.»;

- икона св. Иоанна Воина в сребропозлащенной ризе, с таковым венцом, украшенным стразами и камнями. На ризе надпись: «Иоанна Войнственника. Воеводской канцелярии воеводы Илии Андреева сына Обухова 1747 г.», а ниже надпись на краю ризы: «1814 г. месяца сентября сооружена на оный образ серебряная риза при уездном судье Александре Матвееве Иванове». Икона до 1867 г. находилась в присутственной комнате Шуйского уездного суда, в который передана была, вероятно, из воеводной канцелярии. В означенном году с упразднением уездного суда она передана была в Покровский собор. Икона в летнее время находится в холодной Покровской церкви, а в зимнее время – в теплой;

- икона Божией Матери «Всех Скорбящих Радость» художественной кисти. На Божией Матери и на Богомладенце короны из драгоценных камней; риза на ней позлащенная, вызолочена усердием почетного гражданина И.М. Терентьева. Написана икона шуяниным Борисом Болотовым 1747 г. 7 апреля, а риза сделана усердием шуйских купцов Федора и сына его Иоанна Поповых в лето 1841 г.;

- храмовая икона Иоанна Предтечи хорошей живописи, богато украшена: риза на ней сребропозлащенная, венцы украшены крупными аметистами, стразами и бирюзой. Устроена в 1842 г. усердием И.Н. Корнилова.

В церковной библиотеке сохраняются несколько указов времен императора Петра I и последующих царствований:

1. Императора Петра I три указа.

2. Императора Петра II один указ.

3. Императрицы Анны Иоанновны 7 указов и манифестов.

4. Императрицы Елизаветы Петровны 9 указов и манифестов.

5. Императрицы Екатерины II 14 указов и манифестов.

Церкви принадлежит каменный дом, крытый железом; в нем помещаются старые церковные вещи и живет церковный сторож. Церковные документы хранятся в целости: копии метрических книг с 1784 г., исповедные росписи с 1829 г.; опись церковного имущества составлена в 1896 г. и хранится в церкви. Причта при церкви по штату положено: священник, диакон и 2 псаломщика. На содержание их получается до 3000 руб. в год. Дома у членов причта собственные, построенные на церковной земле. Приход: в Шуе и деревне Набережной 109 дворов, душ муж. пола 412 и жен. пола 508 душ.

В.С. Березин, В.Г. Добронравов «Историко-статистическое описание церквей и приходов Владимирской епархии», выпуск 5. Губ. гор. Владимир, Типо-Литография В.А. Паркова, 1898 г.