Завершение возведения храма было приурочено к десятой годовщине Чесменской победы. 24 июня 1780 года состоялось освящение, которое совершил архиепископ Новгородский и Санкт-Петербургский Гавриил (Петров). На торжестве вместе с Екатериной II под именем графа Фалькенштейна присутствовал император Священной Римской империи Иосиф II. У входа в храм была помещена памятная мраморная доска с надписью: "Сей храм сооружён во имя святого пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, в память победы над турецким флотом, одержанной при Чесме 1770 года, в день его Рождества. Заложен в 15-е лето царствования Екатерины II в присутствии шведского Густава III под именем графа Готландского, и освящён 1780 года июня 24 дня в присутствии его величества римского императора Иосифа II под именем графа Фалькенштейна". В записе в дворцовом камер-фурьерском журнале об освящении Чесменской церкви, есть следующие строки: "Ее императорское величество и их императорские высочества благоволили шествовать... при колокольном звоне в новопостроенную церковь... а при входе их встретил у дверей с Животворящим крестом, в церковном облачении архиепископ Гавриил... с прочим знатным духовенством... По высочайшем прибытии в оную началось освящение церкви, а по совершении... производилась с земляного вала пушечная пальба... После всей Божественной службы в церкви Синода члены и прочее духовенство приносило ее императорскому величеству и их императорским высочествам поздравления и жалованы к руке, и в то время производилась с земляного вала пушечная пальба". Екатерина Великая распорядилась "именовать церковь и дворец Чесменскими". Постепенно и местность рядом с храмом и дворцом стала называться Чесмой.
В истории Чесменской церкви можно выделить несколько этапов. До революции она выполняла свою изначальную задачу - была православным храмом. После революции её приспособили под хозяйственные нужды, затем храм стал музеем. В настоящее время в нём снова служится литургия. Екатерина выделяла Чесменский храм среди других церквей и посещала его как минимум два раза в год - на престольный праздник и масленицу. Специально для императрицы в церкви устроили царское место под балдахином из красного бархата, увенчанное двуглавым орлом. Государыня передала Чесменскую церковь правлению (капитулу) ордена святого Георгия Победоносца. В связи с определённой Екатериной II "принадлежностью", Чесменскую церковь часто называли "Георгиевской". Ю. Фельтен спроектировал храм летним. Поскольку отопления в нём изначально предусмотрено не было, богослужения в холодное время года сводилось к минимуму или становилось просто невозможным. Дабы исправить это положение, 11 декабря 1811 года в нижнем этаже восточной башни Чесменского дворца освятили тёплый храм в честь Рождества Христова. Ходатайство об "открытии тёплой зимней церкви" было подано настоятелем Чесменской церкви священником Иоанном Яковлевым. В Рождественскую церковь передали из Эрмитажа церковную утварь и шитый походный иконостас царя Алексея Михайловича (иконостас погиб в пожаре 1871 года). В 1830 году по повелению императора Николая I в Чесменском дворце устроили богадельню для ветеранов и инвалидов войн, получившую название Николаевской. Чесменскую богадельню курировал Адександровский комитет о раненых, а её попечителями являлись великие князья. Церковь в честь Рождества Иоанна Предтечи при этом перешла в распоряжение военного ведомства.
В 1836 году рядом с Чесменской церковью возникло кладбище. Поначалу на нём хоронили ветеранов русской армии, которые жили в инвалидном доме, находившемся в Чесменском дворце. К середине ХХ века все старые захоронения оказались уничтожены, часовня, построенная здесь, также не сохранилась. На их месте, за Чесменской церковью, устроили кладбище защитников Ленинграда в годы Великой Отечественной войны, на котором хоронили бойцов, отдавших жизни при обороне подступов к Ленинграду. Что касается Чесменской церкви, то она оставалась храмом при Николаевской богадельне даже в первые революционные годы.
В мае 1919 года инвалидный дом был полностью расформирован, а в бывшем Чесменском дворце размещён концентрационный лагерь, который по документам назывался Первый лагерь принудительных работ, а в просторечии - "Чесменка". Зимняя и летняя церкви были закрыты и опечатаны 1 июня 1919 года. На все просьбы общины разрешить открыть хотя бы летнюю церковь и позволить проводить в ней службы власти отвечали отказом: мол, храм находится на территории советского учреждения, а Церковь отделена от государства. Прихожане предложили построить забор, который отделил бы Иоанновскую церковь от территории лагеря, но и в этом им отказали. Иконы и утварь Чесменской церкви были экспроприированы и переданы в Эрмитаж. Прихожанам разрешили собираться в дачном доме барона К.К. Вебера, владельца заводов лаков и красок, неподалёку от храма. Богослужения в новом здании "переехавшего" Чесменского прихода совершались до 17 июля 1924 года. Полностью жизнь общины прекратилась в 1926 году. С 1925 по 1930 год в помещении бывшего храма размещался архив Главнауки, с 1930 года - столярные мастерские Автодорожного института. В 1930 году в здании произошёл пожар, в котором погибли его интерьеры, включая уникальный иконостас, выполненный по проекту архитектора Ю. Фельтена. В 1941 году церковь переустроили под склад Авиационно-приборостроительного института. В годы Великой Отечественной войны находившиеся на переднем рубеже обороны Чесменские дворец и церковь сильно пострадали. В 1947 году была произведена консервация здания храма, позднее было принято решение восстановить его как памятник архитектуры.
В 1960-е годы в Чесменском храме начались крупные реставрационные работы по проекту архитектора А.П. Куликова. В ходе работ привели в порядок купола, укрепили кирпичную кладку, восстановили утраченные элементы, отреставрировали интерьеры. В декабре 1977 году здесь открылся Музей "Чесменская победа", филиал Центрального военно-морского музея. В алтаре разместили диораму с одноимённым названием. Православная община при Чесменской церкви была зарегистрирована 4 января 1991 года. За несколько дней до этого в храме состоялся первый после долгого перерыва молебен, а ещё несколькими днями ранее, 17 декабря 1990 года, настоятелем возрождающейся церкви назначили священника Алексея Крылова. В 1995 году храм был передан Санкт-Петербургской епархии. После того как музей был вывезен, был сделан полный ремонт храма и фасада. В 1998 году по чертежам Юрия Матвеевича Фельтена ХVIII в. был воссоздан иконостас, после чего состоялось полное освящение храма митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Владимиром. Пять барабанов венчают небольшие купола с укреплёнными на них миниатюрными шпилями. Каждый шпиль несёт яблоко с изящным ажурным крестом. Такими же шпилями завершаются и пинакли. На главах - кресты. Первоначально в передней, западной, башенке были установлены часы, а в двух боковых - колокола, сейчас колокольня расположена в передней башне. До революции один из барабанов храма занимал большой колокол весом около 61-го пуда, в другом находилось семь малых колоколов. В 1924 году колокола сняли и отправили на переплавку.
В декоре церкви использовали элементы средневековой готической архитектуры: стрельчатые окна, вертикальные тяги, остроконечные башенки - пинакли (всего 12 штук), зубчатый переплёт. Главный вход обрамляют пилоны портала, перевитые лепными лентами; здесь же помещены две аллегорические статуи: Веры - с крестом и чашей в руках, и Надежды - с пальмовой ветвью и пламенем. Главными элементами внутреннего декора стен являются белые тяги, филёнки и розетки. Есть здесь и классический элемент готической архитектуры - так называемая розетта (розетка), над входом, в круглом оконном проёме. Над входом также располагается фронтон, украшенный барельефом, который изображает Всевидядящее Око Господне в обрамлении лучей и головок херувимов. Так же готический облик имеют дверной и оконные проёмы, однако характерная для классической готики стрельчатость выражена в них не слишком явно, а во входном проёме и вовсе почти скруглена. В здании - шесть окон; оконные проёмы закрыты медными решётками. Вход в церковь - один, с запада. Интерьеры храма украшены лепниной, эклектически сочетающей разные элементы, характерные для той эпохи, когда возводилась церковь. В наши дни паломник может поклониться многим образам Чесменского храма. Среди них выделяются иконы с изображением Иоанна Предтечи - святого, в честь которого церковь освящена. Помимо самого необычного образа с изображением пророка на фоне сражения в Чесменской бухте, в храме имеются иные иконографические типы изображения Иоанна Крестителя. Есть здесь и икона Иоанна Предтечи типа "Ангел пустыни". На иконе Чесменского храма пророк представлен с евхаристическим Агнцем - Младенцем Христом, находящимся в чаше, которую Предтеча держит в левой руке.
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по Святым местам". Выпуск №123, 2015 г.