Каменная церковь во имя Рождества Христова была заложена в 1795 году, достроена и освящена в 1810 году. Она располагалась на Юрточной горе, рядом с мужским монастырём, на том месте, где начиная с 1-й трети XVII века стояли её деревянные предшественницы – Никольский и Христорождественский храмы. Эта территория входила в состав первого Томского женского монастыря (1671–1776). Каменная колокольня построена в 1856–1857 годах купцом Г.И. Елисеевым. Тогда же было решено вместо обветшавшей и тесной церкви строить новую, что и было сделано в 1900 году.
Безруких Олег, протоиерей. Храмы города Томска. Опыт церковного историко-археологического исследования: дис. на соискание ученой степени кандидата богословия по кафедре церковной археологии Сергиев Посад, Троице-Сергиева Лавра. 2003. С. 105-109. http://старинныехрамы.рф/temples/rozhdestva-hristova-g-tomsk-1810/