До 1845 г. как такового, кафедрального храма в Томске не было. Его функции исполняла Богоявленская церковь. Епископ Томский Афанасий (Соколов) выступил инициатором строительства соборного храма. 3 июня 1845 г. состоялась торжественная закладка собора и строительство началось.
26 июля 1850 г., когда здание вчерне было почти готово, главный купол собора, а с ним вместе 4 арки обрушились. Работы возобновились только в 1858 г., но за истощением средств, в 1861 г. снова были прекращены. Вновь строительные работы возобновились в 1885 г. Строительство собора было закончено по первоначальному плану в 1900 г. В том же году состоялось торжественное освящение кафедрального собора.
Храм поражал своим величием. Был выстроен из камня, с каменным подвальным этажом, куполом и четырьмя башнями-колокольнями, главы и кресты купола и башен вызолочены. Своими формами храм напоминал Введенскую церковь, лейб-гвардии Семеновского полка в Санкт-Петербурге, построенную по проекту К.А.Тона. Троицкий собор имел три придела. Главный был освящен в честь Святой Троицы, а боковые – во имя свт. Николая и св. благоверного князя Александра Невского.
Приписными к собору числились следующие церкви: 1) Кладбищенская в Томске в честь Вознесения Господня, построена в 1810, каменная. 2) На заимке Пудовиковых в 3 в. от Томска, деревянная, во имя Св. Архидиакона Стефана, построена в 1856. 3) Часовня в Томске у дальнего ключа. После 1917 г. все эти храмы были разрушены.
В 1914 г. Святейшим Синодом был утвержден штат для Троицкого собора: кафедральный протоиерей, ключарь, 2 священника, протодиакон, 2 диакона, 2 иподиакона и 2 псаломщика. Известно, что в 1914 г. в храме служили: протоиерей Петр Андреевич Мстиславский, протоиерей Иоанн Алексеевич Беневоленский - ключарь собора, протоиерей Ксенофонт Яковлевич Васильков, священник Константин Владимирович Лебедев, священник Николай Ильич Благовестов, протодиакон Симеон Иванович Александров, протодиакон Андрей Николаевич Буторин, диакон Тимофей Яковлевич Астафьев, диакон Александр Алексеевич Владимиров, псаломщик Николай Евграфович Хрущев, псаломщик Павел Петрович Красивский.
С 1922 по 1924 гг. храм принадлежал обновленцам. В 1930 г. храм был закрыт, а спустя четыре года взорван и разобран на кирпичи.
В 1991 г. на месте разрушенного храма Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II освятил закладной камень в основание часовни в память о Троицком соборе.
Е.А. Шабунин, референт Издательского совета Новосибирской епархии
С сайта Образование и православие