Церковь заложена 9 июля 1885 г., освящена 28 декабря 1886 г. Это был небольшой деревянный однопрестольный храм с колокольней. 14 января 1890 г. приходским попечительством при храме были открыты Покровские церковно приходские мужская и женская школы. 15 апреля 1939 г. Покровская церковь была закрыта для служения. В 1943 г. её вторично открыли. 12 апреля 1961 г. Бийским бюро ГК КПСС совместно с исполнительным комитетом Бийского городского Совета депутатов трудящихся принято решение о закрытии и сносе Покровской церкви в заречной части города. 20 апреля 1961 г. храм был разобран.
31 августа 1996 г. торжественно освящён поклонный мемориальный крест на месте разрушенного Покровского храма. Инициатором установки креста выступил общественный благотворительный фонд «Возрождение Алтая».