С февраля 1994 года богослужения в Знаменском храме стали проводиться регулярно. При Знаменском храме распоряжением правящего архиерея был образован женский монастырь, первой настоятельницей которого стала монахиня Глафира (в миру Галина Викторовна Любицкая). Через два года молитвами и трудами первых сестер монастыря - ныне покойной схимонахини Филареты, схимонахини Георгии, схимонахини Гавриилы и других - был восстановлен главный храм и освящен придел в честь иконы Знамение Божией Матери.
До создания женского монастыря основное здание храма занимал строительный кооператив, который категорически отказывался съезжать. На месте алтаря складировались фляги. Когда же был создан монастырь, решился вопрос и с кооперативом.
В 1996 году первая настоятельница монастыря, приняв схиму с именем Евлогия, скончалась. Ее могила находится на территории монастыря, за алтарем храма. В 1997 году были восстановлены и заново освящены Никольский придел и придел в честь святых Захария и Елисаветы. Через некоторое время была разобрана пристройка советского времени. Вскоре стала "отходить" от храма пристройка с южной стороны. Когда ее разобрали, появились пять окон и еще два - в притворе.
С 1998 года настоятельницей монастыря была монахиня Надежда (Любовь Панова), параллельно служившая настоятельницей скита в селе Сорочий Лог, в котором были выстроны часовня в честь Иоанна Предтечи и новомучеников Российских (на месте расстрела священников и верующих в 1920-х годах), обустроен святой источник. Дважды в год — в день Рождества Иоанна Предтечи и в день Усекновения главы Иоанна Предтечи — в скиту совершает богослужения епископ Барнаульский и Алтайский Максим.
В последние годы из Иерусалима привезена частица мощей преподобномученицы Елисаветы. В обители появился образ Божией Матери Почаевской (подарок С.Н. Ровина). Монастырь получил в дар икону Божией Матери «Неувядаемый Цвет» (1902 г., Афон). В правом приделе Знаменского храма помещена восстановленная икона Знамение Божией Матери. 23 мая 2009 года, в первый день торжеств, посвященных Дням Славянской письменности и культуры на Алтае, на Знаменский храм поднят главный купол и крест.
Монастырь является правопреемником Барнаульского Богородице-Казанского монастыря, полностью разрушенного в годы советской власти, и духовно окормляет узниц следственного изолятора, который размещен в здании, где располагались кельи монастыря. Монахини занимаются благоустройством находящегося на территории Богородице-Казанского монастыря Никольского источника, вода которого считается целебной. Наиболее почитаемые святыни монастыря – икона священномученицы Елисаветы с частицей мощей, Иверская икона Божией Матери, икона Божией Матери «Знамение». Монастырь имеет подворье – Иоанно-Предтеченский скит в селе Сорочий лог Заринского района Алтайского края. Сегодня в Знаменском женском монастыре 20 насельниц и исполняющая обязанности настоятельницы монахиня Илария (в миру Любовь Михайлова).
Каждый наступающий день освящается в обители общей молитвой. В шесть часов утра по звону колокола сестры собираются в храм, где читается полунощница и монашеское правило, заканчивающееся чтением акафиста. Ежедневно в храме совершаются Божественная литургия и вечернее богослужение. Храм открыт для всех - любой может помолиться, поставить свечу, купить иконы. Монашеская община крестным ходом обходит вокруг храма с последующим пением Величания Божией Матери. Проходя мимо могилы матушки Евлогии, сестры поют "Вечную память" и просят ее святых молитв. Сестры монастыря несут различные послушания - в церкви, на просфорне, в трапезной, на огороде, в цветнике, в рукодельной мастерской, где шьют монашескую одежду, облачения для священнослужителей и различные предметы церковного обихода. Усердием сестер создана библиотека для насельниц, которая периодически пополняется новыми изданиями.
По материалам официального сайта Алтайской митрополии http://altai-mitropolia.ru
