Дорога в обитель ведёт паломника через Святые врата с надвратным храмом апп. Петра и Павла, построенным в 1802-1805 годы (освящена в 1805 году) и композиционно представляющим собой "восьмерик на четверике". Её архитектура несёт в себе черты русского классицизма в его раннем изводе. Декоративное убранство Петропавловской церкви довольно скромно. Украшают её лишь пилястры (плоские выступы на углах), карниз с "сухариками" и мозаичные иконы в нишах-киотах. Фасады церкви украшают современные мозаичные иконы: чуть выше, в нишах - апостола Андрея Первозванного и основателей обители прпп. Сергия и Германа Валаамских. С противоположной стороны храма также имеются мозаичные образы: над самыми вратами - Иверская икона Божией Матери, именуемая также "Вратарницей"; выше - образ свт. Николая Чудотворца и апп. Петра и Павла. Над самими вратами, украшенными слегка выдвинутым трёхчастным портиком, находится образ Спаса Нерукотворного. Иконы на фасаде церкви - современной работы. Выполнены они Евгением Ключарёвым, произведения которого представлены также в Знаменской часовне. Увенчана церковь луковичной главкой на небольшом глухом барабане.
О внутреннем убранстве этого храма мы можем судить лишь приблизительно. При устройстве в 1940-м году в нижнем храме клуба школы боцманов и юнг, золочёные колонны, украшавшие иконостас, были сняты и использованы в качестве сценических декораций, о чём с горечью писал игумен Харитон, посетивший остров в 1941 году после ухода советских войск. Оригинальное иконописное убранство также было полностью утрачено. В церкви сохранилась часть исторического иконостаса, который был восстановлен в 2018 году. Сейчас храм переосвящён, но интерьер его пока не восстановлен. Богослужения совершаются здесь только 1 раз в году - на престольный праздник, в день памяти свв. апп. Петра и Павла. В остальное время в помещении этой церкви экспонируется выставка икон Северного Приладожья, а в период летнего сезона проходят концерты петербургских певчих, которые дают возможность гостям познакомиться с удивительной традицией знаменного пения. В прилегающем к храму здании располагались Царские келии, где члены августейшей фамилии останавливались при посещении обители.
Из иллюстрированного путеводителя: И. О. Цырульников "Валаам". - ИП Верхов С. И., 2022 и из путеводителя: Ирина Матвеева "Валаам, Сортавала, Рускеала". - издание альманаха "Сердоболь", 2021