Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь основан Святейшим Патриархом Никоном. В 1656 году Патриарх купил у стольника Романа Боборыкина село Воскресенское на реке Истре, с окрестными деревнями и пустошами; на холме, очищенном от леса, была поставлена теплая деревянная церковь в честь Воскресения Христова, вокруг монастыря вырыт ров и построена деревянная стена с восемью башнями.
Подмосковная обитель должна была стать воплощением заветного желания Патриарха – создать на Руси зримое подобие Святой Земли – русскую Новую Палестину с главенствующим над всем Воскресенским собором, который повторял бы в деталях иерусалимскую святыню – Храм Воскресения Христова. Мысль Патриарха простиралась гораздо дальше: это было, прежде всего, стремление въяве воплотить и прославить идею Руси как духовного центра православного мира. Осуществление грандиозного замысла потребовало многих лет. Строительство монастыря приостанавливалось на время ссылки Патриарха (с 1666 по 1679 гг.).
Начатое при царе Алексее Михайловиче, продолжалось в царствование его сына Феодора Алексеевича, при деятельном участии царевны Татьяны Михайловны. Возведение Воскресенского собора завершилось уже после того, как Патриарх Никон, скончавшийся на пути из ссылки в августе 1681 года, был похоронен в своей любимой Ново-Иерусалимской обители. 18 января (ст. ст.) 1685 года, собор был освящен Патриархом Иоакимом. Спустя год юные цари Иоанн и Петр Алексеевичи даровали Воскресенской обители жалованную, так называемую «вечно утвержденную грамоту» на все ее тогдашние вотчины и угодья.
Территория, окружавшая монастырь, простиралась на несколько десятков километров. Ее топонимика, все церковные сооружения создавали образ Святой Земли: в центре был расположен холм под названием Сион; холмы вокруг обители именовались Елеонским, Фаворским; села имели названия Преображенское, Назарет, Капернаум; река Истра получила имя Иордан; ручей, обтекающий монастырский холм, – Кедронский поток. Башни монастырских стен имели символические названия: Входоиерусалимская, Гефсиманская и т. д. В самом соборе были воспроизведены подобия горы Голгофы, пещеры Гроба Господня, храма Обретения Животворящего Креста Господня, Темницы Господней и Темничной церкви во имя Пресвятой Богородицы. Последующие государи династии Романовых продолжали благоустраивать монастырь. В XVIII–XIX веках над созданием его архитектурного ансамбля трудились выдающиеся зодчие – Б. Растрелли, К. Бланк, М. Казаков, А. Воронихин, А. Витберг.
В 1870-е годы возник научный интерес к наследию обители. Архимандрит Леонид (Кавелин), исследователь восточно-христианских и отечественных памятников письменности издал в 1874 году фундаментальный труд «Историческое описание Воскресенского, Новый Иерусалим именуемого монастыря», опубликовав в нем многие ценные документы. Он же основал монастырский музей, в котором были выставлены личные вещи Патриарха Никона, картины, иконы, книги, ткани из собрания монастыря.
В 1875 году вышло в свет «Описание библиотеки Воскресенского монастыря» архимандрита Амфилохия (Казанского). В монастырском книжном собрании хранились ценнейшие рукописи и старопечатные книги XI–XVIII веков, составившие в начале ХХ столетия особое Воскресенское собрание Синодальной библиотеки, которое ныне находится в Историческом музее.
В XIX и в начале ХХ века монастырь был известнейшим центром паломничества. В 1913 году его посетило около 35 000 человек. Располагая средствами от крупных пожертвований, монастырь сам вел строительство гостиниц и странноприимного дома для бедных паломников.
В июле 1919 года по решению Звенигородского уездного съезда советов Воскресенский монастырь был закрыт, его имущество национализировано. В 1920-е годы наиболее ценные предметы из ризницы Воскресенского собора были переданы в Оружейную палату. На территории обители был открыт музей, святые места были частично уничтожены либо изменены до неузнаваемости.
Новый Иерусалим сильно пострадал в начале Великой Отечественной войны, оказавшись в зоне боев за Москву. Во время недолгой оккупации музей подвергся разграблению, а при отступлении фашистские войска взорвали храмовый ансамбль: некоторые постройки были полностью разрушены, собор значительно поврежден. С 1947 года государство стало проводить реставрационные работы, в результате которых удалось поднять из руин архитектурный комплекс обители и начать восстановление интерьера Воскресенского собора.
Процесс передачи монастыря Русской Православной Церкви начался в 1994 году. Возобновилась богослужебная деятельность. Первым наместником обители был назначен архимандрит Никита (Латушко). 23 июня 2008 года Cвященный Синод утвердил благочинного Всехсвятского округа Москвы игумена Феофилакта (Безукладникова) наместником Воскресенского Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря. Тогда же Новый Иерусалим посетили Святейший Патриарх Алексий II и Президент России Д.А. Медведев. Осмотрев сооружения обители, они приняли решение о создании Благотворительного фонда по восстановлению Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря и стали сопредседателями Попечительского Совета фонда.
Святейший Патриарх Кирилл посетил Ново-Иерусалимский монастырь 25 сентября 2011 года в день празднования 355-летия основания святой обители. Учитывая уникальную особенность Нового Иерусалима, воссоздающего главные христианские святыни, связанные с днями земной жизни Спасителя и последующей церковной историей, Святейший Владыка благословил: начиная с 2011 года совершать освящение воды в реке Истре-Иордане подобно существующей традиции в Святой Земле, когда в течение всего года воды Иордана освящаются по чину Великого освящения; в праздник Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня совершать чин воздвижения Креста. Во время посещения монастыря в 2013 году Патриарх отметил, что в будущем необходимо в полной мере воплотить замысел Патриарха Никона – наряду с восстановлением обители воссоздать весь природно-культурный ландшафт, воспроизводящий топографию Святой Земли.
Реставрационные работы в монастыре интенсивно велись на протяжении восьми лет. В 2014 году была восстановлена утраченная в войну колокольня. 8 мая 2016 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин великого освящения Воскресенского собора Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря. Были освящены пять престолов собора: Воскресения Христова; Рождества Пресвятой Богородицы; Успения Пресвятой Богородицы; Небоявленного Креста Господня; святых равноапостольных Константина и Елены.
С 2014 года рядом с монастырем существует уникальный музейно-выставочный комплекс Московской области «Новый Иерусалим», оснащенный самым современным оборудованием. На сегодняшний день это практически единственный крупномасштабный проект в России, который решил проблему сохранения и развития музея в связи с его выводом из культового комплекса.
http://monasterium.ru/monastyri/monastery/voskresenskiy-novo-ierusalimskiy-stavropigialnyy-muzhskoy-monastyr/