Подземная церковь расположена к востоку от главного алтаря Воскресенского собора и соединена с ним лестницей из 33-х ступеней - по числу лет земной жизни Спасителя. Подземная церковь повторяет первообраз - четырёхстолпный одноглавый храм, сооружённый в Иерусалиме на месте обретения Креста Господня, сброшенного с Лобного места в глубокую цистерну к востоку от Голгофы. Сооружение в Новом Иерусалиме "земляной церкви" велось в первой половине 1680-х годов, однако рвы под её фундамент были вырыты ещё при Патриархе Никоне. Тогда же здесь открылся Живоносный источник. В храме сохранился медный чеканный иконостас середины ХVIII века. В центре его второго яруса помещено изображение Голгофского Креста, которому предстоят в молении святые равноапостольные Константин и Елена.
В 2013 году в алтарной части церкви был обнаружен фрагмент основания первоначального изразцового иконостаса. Ныне же в интерьере храма преобладают архитектурные формы и убранство ХVIII века. Особенно богато оформлены барочной лепниной своды и барабан главы, где находятся ограждённые вызолоченным резным парапетом хоры, через которые можно выйти на кровлю храма, первоначально плоскую. В южной части подземной церкви находится придел священномученика Кириака, Патриарха Иерусалимского (умер в 363 г.). Это посвящение связано с историей обретения Креста Господня, местонахождение которого указал царице Елене Иуда - житель Иерусалима. Впоследствии он принял святое крещение с именем Кириак и стал Патриархом Иерусалимским. В период правления императора Юлиана Отступника, когда христиане подвергались жестоким гонениям, Патриарх Кириак скончался после пыток как мученик за веру Христову.
В южной стене главного алтаря устроен арочный проём и обрамлённое изразцами "седалище" царицы Елены, обозначающее место, откуда она наблюдала за работами во время поисков близ Голгофы Животворящего Креста Господня. Здесь находится кладезь "Живоносный источник", из которого можно взять святую воду. Ежегодно в пятницу Светлой седмицы, когда отмечается празднование иконе Божией Матери "Живоносный источник", в Новом Иерусалиме, согласно монастырской традиции, совершается в подземную церковь крестный ход с чином освящения воды в кладезе пещеры Обретения Креста Господня. Если над колодцем поднять взор вверх, то через отверстие в потолке можно увидеть на стене Крест. Он являет собой напоминание о событии, произошедшем в дни Святой Пятидесятницы 7/20 мая 351 года в Святом Городе Иерусалиме.
Церковная история доносит до нас повествование, как по кончине первого христианского благочестивого царя Константина Великого царский престол занял его сын Констанций 1, который уклонился в ересь Ария, хулившего и унижавшего Божественное достоинство Христа Спасителя. Тогда, в посрамление еретиков и для утверждения православных, во Святом Граде явилось дивное знамение: в третьем часу дня на небе явилось изображение Честного Креста Господня, сиявшее неизречённым светом, сильнейшим солнечных лучей, что видел весь народ, поражённый великим ужасом и удивлением. Сие знамение Креста начиналось над Голгофой, где был распят Христос, достигало до самого Елеона, откуда Спаситель спустя 40 дней поле Своего Славного Воскресения был вознесён на Небо. Широта крестного знамения соответствовала его длине; красота же его, напоминавшая подобие разноцветной радуги, была столь велика, что привлекала к себе взоры всех. Толпы иерусалимлян, видя такое чудесное знамение, поспешили с глубоким умилением и сердечною теплотою в святую церковь, в которой единодушно громко прославляли Иисуса Христа, Господа нашего, Сына Божия единородного, Бога истинного от Бога истинного.
Патриарх Иерусалимский Кирилл обратился к императору Констанцию с посланием, сообщив о явлении Креста и призвав обратиться к истинной вере. Тогда же был установлен праздник в воспоминание этого дивного явления. По свидетельству церковного историка Созомена (5 век), увидев знамение, многие эллины и иудеи приняли крещение. В память об этом событии над пещерой Обретения и был устроен придел Небоявленного Креста Господня. Иконостас для этого уникального придела сделан новый. Он состоит из нескольких рядов икон, и, что характерно для религиозной культуры в целом, обладает рядом смыслов. Так, иконография для диаконских врат выявлена из богослужебного содержания праздника. 1-я песнь канона на утрени, восхваляя Крест Христов, сравнивает его с Животным Древом, посаженным Богом в раю, от которого питался и жил человек. Изображение рая и прародителей нередко встречалось в иконографии, так как алтарь символически образует рай. Данная композиция размещена на северных (диаконских) вратах - святые прародители Адам и Ева и между ними Древо Жизни с плодами. На южных диаконских вратах показаны две святые горы - Голгофа и Елеон, над ними в небе Крест, сияющий необыкновенным светом, а под Крестом - град Иерусалим. На переднем же плане изображена река Иордан, а в ней люди по пояс в воде - крещающиеся после покаяния иудеи и эллины. Такая иконография является, с одной стороны, исторически реалистичной, а с другой - символичной, связывающей Крест и Таинство Крещения.
В северной части подземной церкви находится придел, устроенный в ХIХ веке семьёй Суворовых в честь иконы Божией Матери "Утоли моя печали". Здесь погребены Варвара Ивановна Суворова-Рымникская (1750-1806), супруга великого русского полководца Алекандра Васильевича Суворова (1730-1800), и единственный их сын Аркадий (1786-1811). Суворовы были вкладчиками Воскресенской обители, продолжая дело Алексея и Кирилла Разумовских, на чьи пожертвования создан в ХVIII веке иконостас подземной церкви. Небесные покровители Разумовских были изображены на боковых вратах иконостаса. Вкладчики Нового Иерусалима погребены в основном на территории монастырского некрополя, расположенного по сторонам подземной церкви.
Из книги-путеводителя: Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный мужской монастырь. - Истра: Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный монастырь, 2017
