Первоначально храм Воздвижения Креста Господня располагался на древнем устюженском городище, при впадении реки Ижины в реку Мологу. По преданию, выстроен он был на средства, выделенные Царем Иоанном IV из государевой казны, на месте бывшего языческого капища бога Купалы. Все иконы храма, железное клепало также были пожертвованы Иоанном IV. Через два года после переписи 1597 года Устюжна испытала эпидемию "моровой язвы". Вся заижинская сторона вымерла, и храм Воздвижения остался пустым, служить в нем и молиться было некому. Приход его временно перевели к церкви Великомученика Димитрия Солунского.
К 1626 году церкви Воздвижения Креста уже не существовало. По всей видимости, она естественным образом обветшала и "разрушилась. Храм того же имени, снова деревянный, был выстроен уже на новом месте, западнее городища, на правом берегу реки Мологи. Был он теплым, с приделом во имя Всех Святых. Строителем его выступал диакон Давид Яковлев. Во время массового строительства второй половины XVIII века возведен в камне и Кресто-воздвиженский храм. Произошло это в 1768 году усердием прихожан и на добровольные пожертвования. В память прежнего в нем был устроен придел во имя Всех Святых. Храм был небольшим, кубическим, пятиглавым, с четырехскатным покрытием. Венчали его "процветшие" кресты. Колокольня храма напоминала Никольскую.
Приход Крестовоздвиженской церкви был бедным и малочисленным, поэтому с 1852 года церковь была причислена к Богородице-Рождественскому собору.
В 1939 году храм был полностью разрушен.
Источник: Устюженский краевед. Церковь Воздвижения Креста Господня в Устюжне.