С просьбой в Архангельскую епархию о возведении храма обратились моряки Беломорской военно-морской базы и православная общественность города Северодвинск. Их идею поддержали корабелы ЦС «Звездочка». Место для храма выбрано в 2011 году на острове Ягры не случайно - примерно на этом месте когда-то давно стоял опознавательный знак поморов при входе в Никольское устье. В этом же году была закончена разработка проекта церкви. Храм возводился по благословению митрополита Архангельского и Холмогорского Даниила на добровольные пожертвования. По мере сбора средств шло строительство фундамента и подготовка сруба.
23 мая 2013 года на набережной в районе цеха 16 ЦС «Звездочка» состоялась торжественная церемония освящения закладного камня храма в честь святого праведного Феодора Ушакова. Чин освящения совершил владыка Даниил. Он вложил в стену цоколя освященный кирпич (закладной камень), поверх которого рабочие закрепили памятную табличку об этом событии. На закладной табличке написаны имена главных действующих лиц, без участия которых это строительство могло бы и не состояться: митрополита Архангельского и Холмогорского Даниила, командира Беломорской военно-морской базы В. Воробьева, генерального директора ЦС «Звездочка» В. Никитина. В день закладки и освящения храма первое бревно деревянного сруба было уложено на свое место. Возводили храм плотники из Вышнего Волочка под руководством бригадира В. Устинова, имеющего большой опыт работы по возведению церквей в традициях древнерусского деревянного зодчества. Уже 26 сентября 2013 года владыка Даниила освятил центральную главу с крестом для строящегося храма.
С согласия епархии храм будет также играть роль маяка, для которого СПО «Арктика» изготовило специальное радиоэлектронное оборудование. Маяк был зажжён в барабане под главой строящегося храма 15 октября 2013 года в 12 часов дня - в день памяти покровителя Российского флота адмирала Федора Ушакова (в этот день 1817 года он ушёл из жизни). К осени церковь была достроена и 25 ноября 2013 года состоялось первое богослужение в новом храме, которое провёл священнослужитель Беломорской военно-морской базы о. Вениамин.
Деревянный шатровый храм построен в традициях русского деревянного зодчества XVII- XVIII веков. Восьмерик основного объёма, рубленный "в обло", с востока и с запада имеет невысокие прирубы, крытые двускатными кровлями, причём апсидный прируб имеет главку, а притвор с запада - небольшое крыльцо. Храм увенчан главой, покрытой осиновым лемехом.
29 апреля 2014 года состоялось торжественное освящение храма, который провели главный священник города о. Сергий Ермаков и настоятель храма Воскресения Христова о. Валерий Суворов. Уже с мая месяца начались первые постоянные богослужения в храме, посещать которые могут все работники предприятия ЦС «Звездочка». В силу особого режима предприятия побывать в храме сможет не каждый. По мнению руководителя отдела по взаимодействию с вооруженными силами и правоохранительными учреждениями Архангельской епархии священника Валерия Суворова: «небольшой храм на территории оборонного предприятия стал символом братства моряков и кораблестроителей города Северодвинска». Храм, установленный на самом берегу Белого моря, благословляет корабли, уходящие в море и возвращающиеся к родному берегу. В новом храме совершаются молебны перед каждым походом атомных подлодок в море и служат панихиды о погибших моряках-подводниках.
Построенный храм святого праведного воина Феодора Ушакова приписан к городскому приходу церкви Воскресения Христова на Яграх. В 2014 году настоятель Свято-Троицкого Антониево-Сийского монастыря игумен Варлаам подарил храму иконы Спасителя и святителя Николая Угодника, а в ноябре 2015 года он передал в дар храму икону Михаила Архангела - покровителя поморской земли, написанную иконописцем монастыря И. Лапиным. Главными святынями храма являются ковчег с частицей мощей святого праведного воина Феодора Ушакова и других угодников Божиих, и икона святого Феодора Ушакова.
