Приход основан не позднее XVI в. В Сотной с писцовых книг 1586 г. И.Г.Огарева и подъячего Ф.Юрьева на Сысольскую волость указан погост на Усть-Сысоле реки, а на погосте церковь во имя вмч. Георгия. А также починок Зеленец с часовней Пречистой Богородицы, и деревня Парчега на Прорвере, а в ней часовня во имя вмч. Георгия.
Церковь в честь Живоначальной Троицы в Устьсысольской волости Яренского уезда упоминалась в окладной книге монастырей и церквей Великоустюжской епархии 1755 года.
В 1788 г. в приходе числилось 2593 человека, в 1868 г. - 4839.
Указом Св. Синода от 12 июля 1912 г. за №10740 открыты третья священническая и третья псаломщическая вакансии, с содержанием за счёт местных средств.
Церкви
Троицкая церковь, построена в 1753-1768 гг., вместо ветхой деревянной. В церковном архиве хранилась копия храмозданной грамоты Преосвященного Варлаама, епископа Устюжского, данная 28 мая 1753 г. Освящена церковь в 1768 г., на что дана была благословящая грамота Преосвященного Иоанна, епископа Устюжского, от 28 июня 1768 г. Церковь холодная (без печей), каменная, одноэтажная с полатками внизу. Престолы: во имя Живоначальной Троицы; в приделе по южную сторону - Первоверховных апостолов Петра и Павла; в приделе с северной стороны - Трех Святителей Василия Великого, Григорий Богослова и Иоанна Златоуста.
Вторая церковь - Покровская, каменная, двухэтажная. Нижний тёплый храм построен в 1733 г. вместо ветхой деревянной церкви, на что имелась храмозданная грамота Преосвященного Сергия, епископа Устюжского и Тотемского, данная 10 апреля 1733 г. О разрешении строительства ходатайствовали Иван и Пётр Сухановы. Церковь освящена в 1740 г. по указу от казенного приказа Преосвященнейшего Гавриила, епископа Устюжского и Тотемского, от 21 (23?) августа 1740 г. Верхняя холодная Спасская церковь построена в 1792-1808 гг., на что имелась храмозданная грамота Преосвященного Иринея, епископа Вологодского и Устюжского, от 9 марта 1792 г. Освящена 6 июля 1808 г. Преосвященным Евгением, епископом Вологодским и Устюжским. Престолы: в нижнем храме - во имя Покрова Пресвятой Богородицы; в приделе по южную сторону - во имя Предтечи и Крестителя Иоанна; в приделе с северной стороны - во имя вмч. Георгия; в верхнем храме - во имя Нерукотворного Образа Всемилостивейшего Спаса.
Каменная колокольня "о два звона", в отдельном здании, под которой с южной стороны помещалась некоторое время Духовное правление, а с северной - кладовая палатка, позднее ризница.
Приписная церковь: кладбищенская Вознесенская, каменная, холодная, построена в 1820 г., вместо сгоревшей деревянной, с разрешения Преосвященного Евгения, епископа Вологодского, данного 23 июня 1811 года. Освящена в 1821 г. Престолы: во имя Вознесения Господня; в теплых приделах на южной стороне - во имя свт. Николая Чудотворца; на северной стороне - во имя свт. Алексия Митрополита Московского. При ней находилась старая деревянная церковь во имя св. Николая Чудотворца, тёплая, построенная в 1790 г.
Приписная церковь во имя Казанской иконы Божией Матери в деревне Кочпон от собора в 4 верстах. Деревянная. Перестроена из часовни с благословения Преосвященного Христофора, епископа Вологодского и Устюжского, и освящена 26 мая 1861 года. Сгорела 13 июня 1901 (?) г. Вместо нее построена новая церковь, также в честь иконы Казанской Божией Матери.
Приписной Стефановский собор, каменный, двухэтажный. Проект был Высочайше утвержден 20 ноября 1852 г. Закладка фундамента совершена в 1856 г. с благословения Преосвященнейшего Феогноста, епископа Вологодского и Устюжского; постройка начата в 1858 г. и окончена в 1881 г. Отделка нижнего этажа храма окончена в 1882 г., в нем было два престола: главный - во имя иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость", освящен 24 ноября 1882 (1883?) г. по благословению Преосвященнейшего Феодосия, епископа Вологодского и Устюжского, второй придельный престол - во имя сщмч. Харлампия, освящен 25 ноября 1883 г. по благословению того же Преосвященнейшего Феодосия. В верхнем храме престол во имя свт. Стефана Епископа Пермского, по благословению Преосвященнейшего Алексия, епископа Вологодского и Тотемского, освящен 24 апреля 1896 года. В 1894 г. начато строительство колокольни на пожертвованные неизвестным благотворителем десять тысяч рублей, в 1897 году строительство было завершено. На 25 ноября (8 декабря н.ст.) 1926 г. было назначено освящение левого придела в нижнем храме в честь святителей Герасима, Питирима и Ионы Усть-Вымских чудотворцев.
Приписная церковь в полуверсте от собора в мещанском селении "Изкар", во имя Обновления Храма Воскресения Христова. Деревянная. Перестроена из Вознесенско-Харлампиевской часовни, сооруженной в 1891 г., с разрешения Преосвященнейшего Алексия, епископа Вологодского и Тотемского, по указу Вологодской Духовной Консистории от 16 мая 1897 г. за №3391. Освящена по благословению Преосвященнейшего Алексия, епископа Вологодского и Тотемского, 19 октября 1897 г.
Приписная тюремная Богородская церковь. Построена тюремным комитетом с разрешения епархиального начальства. Престол во имя иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость". После революции церковь была закрыта, иконостас был передан вновь созданной Стефановской церкви в с. Иб.
Приписная Крестовоздвиженская церковь в Нижнем Конце. Освящена 5 ноября 1912 г. Престол во имя Воздвижения Честного Животворящего Креста. (Перестроенная из часовни?)
Приписные церкви, ставшие самостоятельными приходскими: с 1851 г. по 1894 г. - Слободская Никольская церковь, перестроенная из часовни во имя свт. Николая Чудотворца (в 14-ти верстах); в 1863-1886 г.г. - Озельская Вознесенская, перестроенная в 1860 г. из часовни во имя Вознесения Господня (в 20-ти верстах).
В городе существовала домовая церковь, при подворье Троицко-Ульяново-Стефановского монастыря.
Часовни
В Кочпоне, во имя свв. прав. Прокопия и Иоанна Устюжских Чудотворцев (4 версты от Троицкого храма); в Читу, во имя Покрова Пресвятой Богородицы (5 верст); на нижнем конце города во имя Воздвижения Животворящего Креста Господня (в 4-х верстах); за Кирулем, во имя Преображения Господня (в 2-х верстах).
Часовни в 1722 г. из опасения раскола приказано было разобрать. 15 июня 1729 г., по указу Петра 2-го, разрешено было возобновлять разобранные часовни. В 1731 году по благословению Преосвященного Лаврентия, епископа Великоустюжского и Тотемского, "за дальностию прихожан от святых церквей" часовни снова возобновлены.
Крестные ходы
К Нижне-Конецкой Крестовоздвиженской часовне из собора 23 июня в день Сретения Чудотворной Иконы Божией Матери Владимирская, особенно здесь чтимой; за рекой Сысолой 20 июля, в день Пророка Илии; в Преображенскую часовню из кладбищенской церкви 6 августа, в день Преображения Господня, здесь икона Преображения Господня считалась явленной между 1818-1820 годами некоему Аврааму, из местных мещан, представлявшему себя в виде юродивого, и потому особо чтилась.
22 апреля 1865 г. была объявлена признательность епархиального начальства купцу Фёдору Максимову Сычеву, пожертвовавшему в Усть-Сысольский собор медный посеребренный семисвечный подсвечник, изящной работы, ценой в 70 руб.
Источники: НА РК, ф. 230, оп. 1, д. 284, л.л. 1-7. НА РК, ф. 230, оп. 1, д. 335, л.л. 2-4, 535-536. ВЕВ. - 1865, №11, с. 87; 1883, №1, с. 6; 1913, №1, с. 8. С-в Н. (Суворов Н. И.). Несколько топографических и статистических сведений о бывшей Великоустюжской епархии. // ВЕВ. - 1872. - №18. - Прибавления. - С. 524. 1600 г. февраля 12. Сотная с писцовых книг 1586 г. И.Г.Огарева и подъячего Ф.Юрьева на Сысольскую волость.
http://parishes.mrezha.ru/parish_history.php?id=37