В 1830-е годы в Сергиевом Посаде почти одновременно строились две кладбищенские церкви: Всехсвятская и Свято-Духовская. Оба храма возводились в стиле ампир, который распространился в России после победы в войне с Наполеоном.
Церковь Сошествия Святого Духа на Апостолов была выстроена на Никольском кладбище в первоначальном изводе в виде часовни. Её возвели на пожертвования прихожан соседней Успенской церкви, что в селе Клементьево в 1832 году, когда отмечалось двадцатилетняя годовщина изгнания наполеоновских солдат с территории Российской империи. Свято-Духовская часовня строилась так же, как памятник русским воинам павшим за освобождение России-матушки от французов и в благодарность Богу за избавление Троице-Сергиевой Лавры от поругания. Несмотря на то, что Сергиев Посад находился далеко от нахождения наполеоновских войск и главных сражений, сохранилось предание, согласно которому Бонапарт, находясь в Москве, вынашивал идею захватить и разграбить Сергиеву обитель. Чудесное заступничество преподобного Сергия Радонежского помешало планам захватчика. Мысль о чудесном спасении Троице-Сергиевой лавры от Наполеоновского разграбления была высказана самим митрополитом Платоном (Левшиным) в послании к Святейшему Синоду в 1812 году. Стоит сказать, что соседний с Сергиевым Посадом Дмитров был занят пятитысячным отрядом французов, но у стен Троице-Сергиевой лавры неприятель так и не появился.
Среди преданий, изданных в сборнике "Рассказы очевидцев о двенадцатом годе", есть две легенды о том, как Наполеон намеревался захватить Троице-Сергиев монастырь. Находясь в захваченной столице, однажды французский император будто бы взошёл на колокольню Ивана Великого в Кремле и увидел с её высоты Троицкую дорогу и саму Троицкую лавру. "Пойду туда - много там накоплено богатства... Дорога открыта: русский царь собрал в другом месте своё войско, а здесь не стоит ни одного воина", - подумал тогда Наполеон Бонапарт. В этот момент из монастырских ворот Лавры вышел седой старец с золотым крестом в руке, а всю дорогу и окрестности покрыло несметное войско. Поражённый видением, Наполеон "чуть не слетел с Ивановской колокольни" и отказался от своих святотатственных намерений. По другой версии, Бонапарт трижды посылал боевой отряд к Троице-Сергиевому монастырю, но каждый раз на пути вражеских войск вставал дремучий лес, вынуждая захватчиков возвращаться обратно.
Строительство Свято-Духовской церкви-часовни велось в два этапа. В 1829 году священник близлежащей Успенской церкви села Клементьево Пётр Флеров инициировал строительство на Никольском кладбище каменной часовни. В 1832 году староста той же церкви Иван Антонович Шапошников пожертвовал средства на преобразование часовни в полноценный храм. Обустройство храма продолжалось около 2-х лет и было окончено в 1834-м году. Кладбищенская церковь в честь Сошествия Святого Духа была приписной к Успенскому храму села Клементьево и собственного причта не имела. Осенью 1835 года церковь была освящена заштатным архимандритом Паисием, жившим в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре. Прошло около шести лет со времени возведения часовни-церкви, и все эти годы храм стоял без колокольни. Причт Успенского храма, бросил тогда клич: "Соседнему Духовскому храму нужна колокольня!". Нашлись благотворители и спонсоры. Местному архитектору Еремееву был заказан чертёж и рисунок фасада будущей колокольни. Не теряя времени, постепенно закупался строительный материал и кирпич для строительства.
В феврале 1840 года настоятель Успенской церкви о. Пётр (Флеров) со старостой храма Иваном Шапошниковым направил в Московскую Духовную Консисторию митрополиту Филарету прошение о разрешении строительства колокольни по приложенным чертежу и рисунку для Духовского храма уездного города Сергиева Посада. Эти документы были перенаправлены в Московскую Комиссию по строительству, которая после проверки на соответствие чертежей установленным строительным правилам одобрила представленный проект и дала разрешение на её строительство, при условии, что её стены будут укреплены металлическими связями. Колокольня, что была вскоре выстроена с запада от основного храма-ротонды, была соединена с храмом небольшой трапезной. На колокольню подняли 8 колоколов, самый большой из которых весил 900 кг, второй - 430, третий - 213,8 кг и т. д. Общий вес колоколов составил 1766 кг.
К основному объёму храма-ротонды были пристроены с южного и северного фасадов, портики с четырьмя массивными колоннами. Колокольня, трапезная и портики с колоннами были сложены из кирпича размером 24/25х11,5х7 см и имели детали из белого камня: белокаменными блоками были облицованы цокольная часть колокольни и трапезной. Белокаменными замковыми камнями были завершены арочные проёмы обоих ярусов колокольни. Из белого камня выложены угловые части двух простых каменных поясков, украшающих верхнюю часть колокольни, и такого же пояска в основании карниза её первого яруса. Колонны портиков имели белокаменные базы. По предписанию Московской Комиссии по строительству стены колокольни для прочности были армированы металлическими связками. На второй ярус колокольни вела деревянная лестница. Луковица главки была окрашена выпуклым изображением звёзд. Плоскости восьмигранного барабана украшали сюжетные росписи. Снаружи церковь была оштукатурена.
Входили в храм с западной стороны через крыльцо, устроенной в колокольне на три ступени. Над входом в храм был металлический навес. В церкви было 7 больших и 4 малых окна. Внутри церковь была оштукатурена и выкрашена масляной краской. Её стены украшали росписи в красивых лепных рамках. На западной стене храма, над дверным проёмом, в такой рамке был написан Господь Вседержитель, в других - притчи из Евангелия. В церкви висело паникадило, медное посеребренное, местами позолоченное. Оно было трёхъярусное, красиво убранное гирляндами, цветами и кистями, внизу оканчивалось стеклянным яблоком, украшенным кистью. Иконостас в храме был 4-х ярусный. Его длина составляла 7,47 м, высота в средней части - 5,51 м, по бокам - 3,2 м. Иконостас был сделан из сосны, окрашен в голубой цвет и покрыт лаком. Его украшали восемь полуколонн и разнообразная резьба.
Двадцатый век был трагичным для судеб большинства церквей России. Не обошла эта участь и кладбищенскую Свято-Духовскую церковь. 3 января 1918 года был издан декрет советского правительства об изъятии церковных и монастырских имуществ. По всей России началось закрытие монастырей и церквей. В 1930-х годах закрыли Успенский храм в селе Клементьево. Теперь в приписной к ней кладбищенской Духовской церкви чин отпевания усопших совершали священники Ильинской церкви. 25 мая 1934 года Президиум Загорского Горсовета РК и КФ вынес постановление о запрещении колокольного звона: "со всех приходских, а равно и кладбищенских церквей города снять колокола и передать их металлолому для использования в промышленности". Тут же с храма сняли колокола, а в 1949 году Свято-Духовскую церковь закрыли для служения - решением Горисполкома в ней было разрешено хранение государственного зерна. А после постановления Горсовета "О закрытии Никольского кладбища с 25 июня 1952 года" городские власти разместили в трапезной части церкви склад ядохимикатов. Их содержали в двух огромных металлических ёмкостях, каждая около тысячи литров. Едкие испарения этих ядохимикатов въедались в стены храма (кирпич, который откапывали 40 лет спустя на месте разрушенной церкви, всё ещё издавал сильный неприятный запах).
По рассказам очевидцев, 10 апреля 1966 года, в Светлое Христово Воскресение, в Духовской церкви произошёл пожар. Он возник в результате детской шалости: днём кто-то из мальчишек забрался в купол и стал забавляться спичками, поджигая птичьи гнёзда и пух. Вслед за возгоранием этих предметов, загорелись деревянные конструкции купола. Приехавшие на вызов случайных прохожих пожарные (с минимальным количеством воды) не смогли потушить разыгравшееся пламя, так как в близлежащем маленьком пруду не оказалось достаточного количества воды для тушения огня. Все деревянные конструкции церковного здания сгорели. После пожара началось разрушение храма. К 1970 году, то есть всего за четыре года после пожара, были полностью разобраны стены храмовой и трапезной частей церкви. Свидетели вспоминали, как люди выбивали из его стен кирпичи, увозили их на тележках и строили из них гаражи. Были предприняты усилия по разрушению колокольни даже на рубеже ХХ -ХХI веков. В начале 2000-х годов Свято-Духовская церковь выглядела очень печально: посреди заброшенного Никольского кладбища словно устремившись к небу, возвышались два четверика порушенной колокольни.
Весной 2002 года постановлением Правительства Московской области колокольня Духовской церкви получила статус памятника истории и культуры регионального значения и должна охраняться государством. Однако присвоенный статус не способствовал улучшению её состояния, она по-прежнему из года в год подвергалась разрушению и вандализму. Лишь весной 2004 года по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия началось востановление Свято-Духовского храма. Его настоятелем был назначен священник Успенской церкви Сергиева Посада Валерий Малышкин. На Димитриевскую родительскую субботу, в ноябре 2004 года, в полуразрушенной колокольне батюшка служил первую панихиду. С молитвой возрождался порушенный храм. К осени 2007 года были выложены стены храмовой и трапезной части церкви, велась вычинка стен колокольни. В июне 2008 года на неё подняли колокола. Они были отлиты в Тутаеве, в мастерской Николая Александровича Шувалова, по старинной технологии. Общий вес всех семи колоколов был 1366 килограмм (общий вес прежних восьми - 1766 кг). Впервые за 70 лет окрестности Свято-Духовского храма огласил торжественный колокольный звон.
10 июня 2011 года, накануне Троицкой родительской субботы, в предверии праздника Святой Троицы и престольного праздника Дня Святого Духа храм распахнул свои двери для прихожан, в нём начали совершаться Богослужения.
С сайтов: sd-sergievposad.cerkov.ru/istorya-xrama/ и https://mosregtoday.ru/istorii-svyatyn-podmoskov-ya/cerkov-na-nikolskom-kladbishe-v-sergievom-posade/