Первоначально церковь апостола и евангелиста Иоанна Богослова находилась на территории Коломенского кремля, была деревянной, а когда сгорела, то в 1733 году новую каменную Иоанно-Богословскую церковь с приделом святого мученика Иоанна Воина начали строить за крепостными стенами на торговой Житной площади. В писцовых книгах 1577-1578 года церковь упомянута как "Ивана Богослова, древяна, клецки, а в ней деисус стоячей...". На Ивановских воротах, находившихся рядом с тогдашним храмом находился белокаменный резной образ ХVI века - "Богородицы и предстоящего Апостола Иоанна", позже перенесённая в каменный храм. Ивановские ворота располагались на участке, имеющем ключевое, стратегическое значение - на пересечении двух дорог: Владимирской и Астраханской, в юго-западной части огромной торговой площади.
Церковь, стоящая ныне внутри двора, который образован четырьмя корпусами торговых зданий, была построена в 1756 году. Строили этот храм долго, в 1739 случился в Коломне большой пожар, в результате которого работы пришлось приостановить. К 1752 году, известно, что церковь "стояла выложенной от фундамента на три с четвертью аршина". В марте 1752 года по просьбе священника Сергия Петрова дано дозволение на выдачу сборной книги для построения храма. Здание было закончено постройкой благодаря "кошту доброхотных дателей" и "тщанием приходских людей" в 1768 году при ней была выстроена каменная колокольня (разобрана в 1819 г.). В начале ХIХ века была расширена трапезная (в 1811 году устроен придел иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радость", в 1814 году освящался придел св. мученика Иоанна Воина). В 1829-1835 гг. изменена архитектурная отделка храма, в 1848 году устроены придельные иконостасы. Они представляли собой красивую композицию в виде триумфальной арки и колоннад (когда в 1909 году за ветхостью иконостасы хотели заменить, Московское археологическое общество не дало согласия ввиду их красоты и художественного интереса").
В результате перестройки церкви в 1810-1828 гг. храм заново расписали. Как писал коломенский историк и краевед Маевский И. В. в своей книге "Очерки по истории Коломенского края", "Иконостас церкви был изготовлен служителем тульского архирейского дома золотарём Егором Васильевичем Иконниковым. Роспись стен провели коломенский мещанин живописец Феофан Гаврилович Дремязгин и помогавшие ему калужские мещане Аполлон Степанов и Митрофан Фёдоров. Новые иконы написали тот же Ф. Г. Дремязгин и московский иконописец Пётр Никитич Лыков". В процессе этой перестройки также решено было разобрать старую грозившую падением колокольню и возвести величественную, самую высокую колокольню в городе, указывающую путнику на центр уездной Коломны. В 1826-1846 годах такая колокольня была построена. Новая пятиярусная доминанта в стиле ампир, высота которой вместе со шпилем достигает 67 метров, позволяет до сих пор оставаться одним из самых высоких зданий города. 28 августа 1848 года полностью обновлённый храм заново был освящён митрополитом Московским и Коломенским Филаретом. Вокруг церкви расположилось каре торговых корпусов, выстроенных в 1865 году по проекту архитектора И. А. Дагаева. Краевед Маевский Игорь Валентинович подчёркивал, что "торговые помещения принадлежали причту церкви, сдавались в аренду местным торговцам, и арендная плата служила одним из основных источников церковной казны". В 1960-е годы эти корпуса были перестроены архитектором М. И. Бондаревым под магазины "Гастроном", "Электротовары" и др.
В 1929 году храм Иоанна Богослова хозяева новой жизни закрыли, а церковную утварь растащили для перепродажи. Многие иконы публично сжигались на Житной площади, переименованную в площадь Двух революций. В советское время в здании церкви размещались склад магазина, отдел главного архитектора, торговый техникум, позже колледж. В 1981 году реставраторами С. П. Орловским и К. В. Ломакиным, проводившими работы в трапезной части храма, занятой учебными помещениями торгового техникума, был неожиданно обретён белокаменный образ ХVI века "Богоматерь с Младенцем Христом и предстоящим Иоанном Богословом", считавшийся утраченным. Этот барельеф почти три века украшал красивейшие Ивановские ворота Коломенского кремля. После того как их в нач. ХIХ века за ветхостью разобрали, кирпичи отдали Брусенскому монастырю на строительство келий, икона же заняла своё место в стоявшем рядом одноимённом храме. В апреле 1997 года здание летнего храма (тогда подсобное помещение гастронома) возвратили верующим. Одновременно здесь читали акафист своему небесному покровителю и проводили внутренние и внешние реставрационные работы. 21 мая 1997 года, в престольный праздник, здесь была совершена первая Божественная литургия. Лишь в мае 2005 года церковное здание было целиком передано приходу. Как писали авторы книги "Памятники архитектуры Московской области" Подъяпольская Е. Н., Разумовская А. А., Смирнов Г. К., "Храм и смежная с ним четырёхстолпная трапезная богато обработаны в стле зрелого классицизма, в деталях широко применён белый камень. Особенно нарядна апсида в венце колонн тосканского ордера... Высокая, стройная, увенчанная шпилем колокольня на оси архитектурного комплекса организует центральную городскую площадь, играет существенную роль в панораме Старой Коломны... Пять ярусов колокольни украшены многочисленными, преимущественно ионическими колоннами, вазами, изящной лепкой архивольтов и фризов". Перестройка ансамбля церкви была приурочена ради увековечивания побед России в Отечественной войне 1812 года.
В 1819 году старая колокольня, грозившая падением, как уже было сказано, была разобрана. В 1826-1846 гг. стараниями коломенского купца И. И. Шапошникова возведена новая величественная доминанта. На ней было 7 колоколов, самый большой из которых весил 347 пудов. Легко устремлённые ввысь пять ярусов (четыре - квадратные, пятый - цилиндрический) украшают 40 белокаменных колонн, изящная лепка архивольтов (обрамление арочных проёмов) и фризы (декоративные композиции в виде горизонтальных полос). В силуэте колокольни угадывается школа великого русского зодчего М. Ф. Казакова, по некоторым сведениям, её проектировал один из его учеников. Колокольня, вначале стоявшая отдельно (соединена с трапезной в 1852 г.), строилась по проекту, предусматривавшему строительство вокруг церкви четырёх корпусов лавок. После закрытия Иоанно-Богословской церкви в 1930 году с колокольни сняли колокола для переплавки, а позже разобрали шпиль. Здание стало ветшать, куски штукатурки и лепных украшений периодически падали на прохожих. Шли разговоры о разборки колокольни. Лишь в 1950-х годах была проведена косметическая реставрация, а в 1960-62 гг. - полная. Работы под руководством архитектора В. П. Белова осуществлялись Московской областной научно-исследовательской реставрационной мастерской. Колокольня была оштукатурена и покрыта долговечной краской, вычинен её купол, изготовлены из кровельной стали шпиль и "яблоко" в виде рифлёной вазы диаметром 1 м 33 см.
На верхнем цилиндрическом куполе находились большие часы, по которым коломенцы и гости города сверяли свои часы. Эти часы продолжали ходить и в ХХ веке. Пожилые коломенцы ещё помнят их куранты. К 1960-м годам механизм часов был повреждён. К ноябрю 1962 года на колокольне по чертежам механика А. Г. Вейнгарда были смонтированы электронные часы-куранты с четырьмя циферблатами диаметром 1 м 20 см, цифры на которых сделаны из латуни, стрелки - из листового аллюминия, покрытого сусальным золотом (позже и они вышли из строя). В мае 1988 года была начата ещё одна реставрация колокольни, в ходе которой был позолочен шпиль и вместо иглы на нём установлен крест. После этой реставрации на колокольне осталась металлическая конструкция, т. н. "удавка". Эта конструкция около десяти лет портила вид колокольни, пока в год 820-летия, в сентябре 1997 года, специалистами строительной фирмы "Аверс" она не была демонтирована. В ХХI веке за восстановление часов (которые не ходили много лет) взялись известные российские мастера часового дела. Были установлены специально изготовленные часовые механизмы и задействована система живого колокольного звона. 12 сентября 2009 года, в честь празднования Дня города, в Коломне состоялось открытие главных колокольных городских часов, которые зазвучали вновь впервые за последние 15 лет. 8 сентября 2012 года в торжественной обстановке на колокольне была открыта памятная доска в честь победы русских войск в Отечественной войне 1812 года.
Из журнала "Православные храмы. Путешествие по святым местам". Выпуск №330, 2019 г., из книги Подъяпольская Е. Н., Разумовская А. А., Смирнов Г. К. Памятники архитектуры Московской области, вып 3. М., 1999 г., из книги Маевский И. В. Очерки по истории Коломенского края. Коломна, 2004 г.