14 августа 1852 года, старец Иеромонах Феофил Христа ради юродивый подвижник и прозорливец Киево-Печерской Лавры (1788-1853 гг) направлялся на бычке из Китаева в Лавру. Когда он проезжал по лесу возле того места, где ныне устроена Преображенская пустынь, бычок его сбился с дороги и свернул направо, но старец, занятый чтением псалтири, как бы не замечая этого, продолжал свой путь. Шедшие из ближайшей деревни влес мужики с топорами заметили эту ошибку и стали старца окликать: —Батюшка! ваш бычок заблудывся. Дывицься, вин не туда йде. Блаженный, как бы отрываясь от чтения псалтири, повернул к мужикам голову и говорит: —Нехай соби иде. Вин лучше нас знае чого ему там треба. Це для того, щоб я тут Богу помолывся. Старец слез с повозки, взял у мужика топор, срубил маленькое деревцо и вытесал из него небольшой крест. В 50-х годах прошлого столетия на месте существующей там ныне Преображенской пустыни был густой лес, и мысль о построении ее никому даже и в голову не приходила. Но блаженный Феофил, провидя духом будущую благодать здесь, помолился Богу и, как некогда Первозванный Андрей водрузил крест на высотах Киевских, так и блаженный старец укрепил свой крест на сем месте и сказал: — Памятуйте, друзья! На сим мисти буде выстроен монастырь. И багацько живих и мертвих буде поселяться у ним.
Что было предсказано, то исполнилось. В 1872 году, на том месте, где был поставлен Феофилом крест, было положено начало нынешней Преображенской пустыни и, кроме живых людей, ищущих спокойствия для души, стали поселятся туда и мертвые телом для вечного покоя своего в ожидании наступления дня Страшного Суда Божия. Освящена церковь была в 1873 году в честь Преображения Господня.
В 1909 г. храм был капитально отремонтирован. Кроме церкви, в пустыни находился каменный дом ее настоятеля, жилые корпуса, пекарня, кухня с трапезной и гостиница для паломников. Вблизи располагалась водопроводная станция, которая обслуживала, кроме Преобаженской, еще и Китаевскую пустынь с ее хозяйственным подворьем, свечной завод и Болгарский хутор.
В 1921 году, когда все монастырское имущество, кроме храмов, перешло в ведение Губземотдела, эта организация решила устроить в Преображенской пустыни свой санаторий. Для определения подходящего помещения туда направили государственного служащего П. И. Троцкого. В его задачу входило составление полной описи имевшихся строений. Вначале Земотдел предложил освободить для санатория 15 комнат и, чтобы как-то ослабить бдительность проживавшей в пустыни братии, предлагал выделить из ее числа человека, которому можно было бы поручить заведование хозяйственной частью. Зная негативное отношение руководства Земотдела к монастырю и, в то же время, не имея возможности отстоять Преображенскую пустынь, лаврская братия решила, что будет лучше передать свои бывшие помещения общественной организации, а именно - Комитету по улучшению быта ученых. Тогда представители лаврской общины повели переговоры с названным Комитетом об устроении в пустыни дома отдыха научных работников. Такое соседство с людьми образованными, интеллигентными позволило бы, по мнению братии, продолжать совершать богослужения в стенах монастыря. В результате переговоров Преображенская пустынь стала местом отдыха ученых. Однако надежды братии не оправдались. Политика советской власти диктовала свои условия, и вскоре новые соседи полностью заняли территорию бывших хозяев. В 1924 году настоятель Лавры уже обращался в секцию научных работников с просьбой о разрешении погребать монахов на Братском кладбище Преображенской пустыни.
В 1938 году храм Преображения Господня был взорван. Обитель прекратила свое существование.
В сентябре 2005 года по благословению Блаженнейшего Владимира, Митрополита Киевского и всея Украины - игумен Моисей начинает восстановление Спасо-Преображенской пустыни. В настоящее время богослужения проходят в небольшом Храме преподобного Феофила Христа ради юродивого. Построен братский корпус. В ближайшее время намечено строительство Спасо-Преображенского собора, колокольни, детского приюта.
История Спасо-Преображенской пустыни, информационный листок обители