На этом месте издавна существовали два храма. «В Красном посаде две церкви строение приходцких людей древяные. Одна Живоначалные Троицы, другая Иоанна Богослова», – сообщает Переписная книга 1712-1713 годов. Они не раз поновлялись, перестраивались. В 1751 году священник Федор Григорьев и церковный староста Александр Марков наняли работников, чтобы перекрыть кровлю Троицкой церкви и сделать новое крыльцо. А в 1767 году вместо второй деревянной церкви заложили каменную. Строили ее долго, и в 1785 году она не была достроена. Хотя великий каргопольский пожар не затронул этой территории, но почти весь город тогда восстанавливали из руин. Когда в 1790 году освятили престолы в нижнем этаже, то прихожане задумали надстроить 2-й этаж и перенести туда обветшавшую к тому времени Троицкую церковь. Строительство Троицкой церкви длилось 12 лет, работы были закончены в 1802 году. А несколькими годами позже построили рядом деревянную колокольню.
Но в 1878 году случилась беда: от неосторожного обращения с огнем белильщика крестьянина Андрея Белобородова сгорели деревянная колокольня и верхний этаж церкви. Когда же восстанавливали здание, пятиглавую конструкцию завершения полностью изменили, увенчав её большим куполом. Как гласила народная молва, таково было желание жертвователей, купцов Константина Немчинова и Александра Лаврентьева, на средства которых в основном и отстроили церковь.
По словам архитектора А.Б. Бодэ в аркаде барабана видятся псевдо-византийские мотивы, распространенные в архитектуре 2-й половины XIX века. Колокольню соорудили каменную над папертью. Наконец, в 1898 году освятили верхний храм в честь Святой Живоначальной Троицы. Главный престол в нижнем этаже – во имя Живоносного Источника, справа – в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова, слева – преподобного Александра Ошевенского. Непродолжительный период Троицкая церковь не имела своего причта и приписывалась то к Свято-Духовскому, то Владимирскому приходам.
В середине XVII века в Троицком приходе священником служил Герасим Анфимов. Его имя упоминается в Житии Кирилла Челмогорского и Сказании о чудесах в Хергозерской пустыни от иконы Макария Унженского и Желтоводского. В XVIII веке прихожанами были состоятельные купцы Марковы, девица Матрона из этого рода стала женой Александра Баранова.
С началом гонений на церковь религиозная жизнь здесь прекратилась. В 1922 году из Троицкой церкви было изъято и сдано в уездный финотдел 20 фунтов серебра, менее, чем через год, 15 марта 1923 года церковь была закрыта. Вначале она была передана военному ведомству. В 1930-е в здании располагались комсомольский и спортивный клубы, позднее склад. В конце 1980-х годов Троицкая церковь была передана в состав Каргопольского историко-архитектурного и художественного музея-заповедника.
Выстроена в стиле раннего провинциального классицизма, с элементами барокко. Основное помещение храма представляет собой массивный куб (четверик) с тремя ярусами окон, верхние из которых - восьмигранные (как и в церкви Иоанна Предтечи). При реконструкции храма после пожара 1878 года четверик был перекрыт огромным куполом в византийском стиле, барабан которого прорезан 16 окнами.
http://azbyka.ru/palomnik/Троицкая_церковь_(Каргополь)