В 1907 году во Владивостоке по ул.Манжурской (ныне ул.Махалина) была возведена церковь-школа иконы Божией Матери «Всех скорбящих радость» в память о русских воинах, погибших в русско-японской войне 1904-1905 г.г. Чин освящения совершил Высокопреосвященнейший архиепископ Евсевий. 16 сентября 1908 г. в школе начались регулярные занятия и уже через год здесь обучалось 77 детей из рабочей и Матросской слободок. В 1927 году церковь-школа была закрыта постановлением горисполкома (как требующая капитального ремонта).

Храм-школа памяти убиенных русских воинов была возвращена верующим в 1972 году. После реконструкции 8 мая 1976 года здесь возобновились богослужения. Главный придел освящен во имя Святителя Николая Мирликийского Чудотворца, второй придел был освящен в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте». В 1991 году с восстановлением Владивостокско - Приморской епархии храм получил статус кафедрального Собора епархии.

 С 1 сентября 1997 года при Свято-Никольском соборе начала работу детская воскресная школа. (В 1999 году на базе школы возникла православная гимназия Владивостока).[

Службы в Соборе совершаются ежедневно. Также при храме работают библиотека и воскресная школа по изучению Священного Писания и Богослужения для детей.