Церковь Смоленской иконы Божией Матери при медико-хирургической академии находится в самом здании, на Выборгской стороне. Основанная в 1800 г., медико-хирургическая академия не имела до 1809 г. храма Божия, и воспитанники ее, которых тогда было немного, ходили к богослужению в ближайшие церкви Морского и Сухопутного госпиталей.
С 1806 г. началось преобразование академии в учебном и хозяйственном отношении, в то время в новый штат внесено и устройство церкви при академии. 28 июля 1808 г. император Александр I утвердил доклад министра внутренних дел князя Куракина с уставом и штатом академии. После этого терапевтическая клиника переведена была из академического здания в госпитальное, таким образом, открылось свободное и удобное место для устройства церкви. В 1809 г. план и смета для устройства ее на месте бывшей терапевтической клиники высочайше утверждены, и в том же году церковь получила свое окончательное устройство.
Церковь находится в нижнем этаже главного фасада академического здания, рядом с «конференц-залой». Антиминс ее священнодействован преосв. Венедиктом 5 апреля 1832 г. и подписан митрополитом Серафимом. Кем составлен план и смета на устройство церкви – неизвестно.
Иконы писаны на холсте академиком Миропольским, который производил и все прочие работы по церкви. Из предметов церковных более достопримечательными могут считаться следующие: Смоленская икона Божией Матери в киоте орехового дерева, в серебряной ризе с двумя позлащенными венчиками, которые украшены 10 драгоценным камнями; икона свят. Николая в серебряной ризе и вызолоченной раме, с резным наверху сиянием; дарохранительница на престоле, серебряная, в форме храма, на ореховом подножии, устроенная Верховцевым, серебра в ней 18 фунт. 34 зол., высота ее 14.5 верш. Библиотека церковная, устроенная правлением академии, имеет, кроме книг богослужебных, духовные журналы с 1856 г.
Исповедные росписи и метрические книги ведутся с 1810 г. По штату 1864 г. положено жалования священнику 1764 руб., псаломщику 298 руб., при казенной квартире с отоплением и освещением. Священник безвозмездно совершает все требы в академических клиниках. Приход академической церкви составляют частью студенты, частью служащие при академии чиновники и сторожа. Церковное хозяйство находится в заведовании ктитора из академических чиновников.
К академии приписана однопрестольная во имя св. архистратига Михаила церковь при Михайловской клинической больнице баронета Виллие, каменная, со звоном. Она устроена по высочайшему повелению и освящена 8 ноября 1873 г. Отдельного причта при ней нет, а на наем священника и псаломщика для совершения богослужения и треб назначено уставом больницы по 500 руб. в год.
«Историко-статистические сведения о С.-Петербургской епархии» Выпуск 6, Санкт-Петербург, 1878 г., в синодальной типографии.
