23 января 1996 года архиепископ Астанайский и Алматинский Алексий (Кутепов) (ныне – митрополит Тульский и Ефремовский) подписал прошение православных верующих Алма-Аты об открытии нового прихода в честь Пресвятой Троицы в западной части города, где к тому времени не было ни одного православного храма. Из-за отсутствия собственного помещения, в течение нескольких лет люди молились в арендуемых у различных организаций помещениях. Только 28 декабря 2000 года епархия приобрела жилой дом, который был переделан для размещения церкви. Близость естественного водного источника – реки Большая Алматинка, образующей озеро Сайран, давала возможность осуществлять водоосвящение на Крещение, что послужило основанием для переименования прихода в Богоявленский (28 декабря 2000 года).
Недостаточная площадь помещения храма требовала нового строительства. В сентябре 2003 года удалось изменить целевое назначение земельного участка, на котором находилась церковь, под строительство новой.
Осенью 2008 года было снесено старое здание и выкопан котлован под здание будущего храма. С конца 2008 года храм размещался в арендуемом двухэтажном доме. С середины февраля 2009 года начались работы по расчистке территории и ее планировке.
В конце мая 2009 года были получены разрешение на строительство и рабочие проекты. 14 июля 2009 года митрополит Мефодий (Немцов) (ныне – Пермский и Кунгурский) произвел закладку первого камня будущего храма. К октябрю 2009 года было построено двухэтажное деревянное здание под временный приход, где и стали проводиться богослужения. В декабре 2010 года службы стали совершаться в цокольном этаже нижнего храма, нареченного в честь Серапиона Новгородского. С января 2011 года службы в этом приделе стали совершаться ежедневно.
В октябре 2014 года здание временного прихода было переоборудовано под здание воскресной школы, в котором расположились: на первом этаже трапезная, на втором этаже канцелярия и библиотека, воскресная школа и молодежный клуб «Ортодокс». 22 октября 2014 года освящены купола и кресты для храма. Также произведены монтаж купола и установка креста на колокольню. 25 декабря 2014 года установлены центральный купол и главный крест. 6 февраля 2015 года выкопан котлован под строительство водосвятной часовни для освящения и раздачи воды в день Богоявления Господня. 12 июля 2015 года совершен первый водосвятный молебен в верхнем храме. В 2016 году там были проведены отделочные работы. Храм типовой, имеет два придела.
Святыни храма: частица мощей святителя Игнатия Брянчанинова, частица мощей святителя Филарета Московского, частица мощей святителя Иннокентия Московского, частица мощей святителя и исповедника Николая, митрополита Алма-Атинского и Казахстанского, частица мощей мученицы Варвары, частица мощей преподобномученика протоиерея Константина Богородского, частица мощей преподобного Севастиана, старца Карагандинского, частица мощей священномученика Владимира, митрополита Киевского, частицы мощей мучеников младенцев Вифлеемских, частицы мощей преподобномученицы Елисаветы и инокини Варвары, частица мощей преподобного Нила Столбенского, частицы мощей 600 мучеников Давидогариджийских.
https://mitropolia.kz/info/organizations/churches/almaty/114-khramt-bogoyavleniya-gorod-alma-ata.html