«…Первые келии пустынников появились на берегу озера Перт еще в ХVІІ веке но монастырская пустынь возникла на этом месте в 1819 году, когда настоятелем в Соловецкий монастырь был назначен архимандрит Макарий. Он прибыл на Соловки из Валаамского монастыря, где вел пустыннический образ жизни. Поэтому в четырех верстах от монастыря в 1822 году он поставил две пустынные келии. Одна из них была предназначена для настоятеля, а в другой проживала братия. Возможно, что сохранившаяся маленькая часовня является перестроенной келией, так как в описях XIX века она названа «часовней неизвестного посвящения». Если бы ее строили специально, посвящение было бы известно. Архимандрит Досифей писал, что за озером Перт «находятся две пустынные келии, куда временно уединяются монашествующие на безмолвие».
В середине ХІХ века, уже при архимандрите Порфирии, в этом месте был построен большой летний дом с мезонином. После строительства этого дома южный склон холма начал обустраиваться и засаживаться специально завезенными сюда редкими и экзотическими растениями. Из монастырских посадок остался ряд кустов сирени венгерской, заросли розы морщинистой (крупноягодный шиповник) и бадана толстолистного. Два последних растения были по преданию подарены Соловецкому настоятелю тибетским далай-ламой в начале XX века, когда два монаха с миссионерской целью добрались до Тибета.
Соловецкие монахи давно заметили, что место, где расположена Макариева пустынь, обладает собственным микроклиматом. Юго-восточный склон Макариевой горы, защищенный по бокам холмами и высоким лесом от ветров, хорошо прогревается. Температура почвы и воздуха здесь почти всегда на 2-4 градуса выше, чем в других частях острова. Да и климатические условия на Соловецких островах в целом заметно мягче, чем на прибрежных территориях Белого моря.
Известный этнограф XIX века С. В. Максимов писал: «Местность Соловецкого острова составляет решительный контраст со всеми соседними ей: словно природа огорчилась, истощенная в береговых тундрах и болотах, и, собравши последние оставшиеся силы, произвела на острове новый, особенный мир, в котором так все привольно и так все сродни и знакомо дальнему, заезжему человеку...»
В Ботаническом саду много растений и цветов более типичных для средней полосы, чем для северных широт: орешник-лещина, калина обыкновенная и бульденеж, жимолость альпийская, разные виды черемухи, барбариса, боярышника и туи, тополь бальзамический, липа мелколистная, сортовые розы. Из посадок монастырского периода в саду сохранились посадки сибирской кедровой сосны и яблони Палласа, которым более ста пятидесяти лет. Соловецкие кедры являются самой северной самовоспроизводящейся популяцией кедров в мире. А яблони, несмотря на столь преклонный возраст, по-прежнему плодоносят. Интересен единственный на Соловках дуб - растущий большим кустом дуб черешчатый. Вообще, многие виды деревьев, завезенных из более теплых мест, например, клен остролистный, на Соловках начинают «куститься» - так легче вы живать в приполярных условиях и бороться с ветром и морозом.
После войны 1854 года, в которой Соловецкая обитель героически отразила жестокое нападение англичан, на горе возле креста была поставлена небольшая деревянная четырехгранная часовня во имя Святого Благоверного князя Александра Невского, в коей была следующая надпись: «Настоятель архимандрит Александр поставил на сей горе в 1854 г. Крест Господень и часовню Во имя Святаго великаго князя Александра Невскаго, ангела своего, и гора сия названа «Александровская» за спасение жизни своей при нападении Англичан на Соловецкую обитель в 1854 г. июля 6 и 7 числ, в самую страшную канонаду, под градом ядер и бомб 36 и 96 фун. летавших над головами во время крестнаго хода вокруг монастыря». От часовни и сама гора получила название Александровской.
Сильно перестроенная часовня и сейчас стоит на Александровской горе, со хранился и памятный камень с названием горы. Со смотровой площадки также открывается панорамный вид на монастырь, находящийся в 4 км от сада. В ХІХ веке на склоне Александровской горы был устроен каскадами аптекарский огород, где выращивались лекарственные травы. В настоящее время аптекарский огород восстанавливается. В нем можно увидеть два вида полыни, календулу, пиретрум, подорожник краснолистный, родиолу розовую.
На противоположной Крестовой горе в 1907 году был установлен поклонный крест. Сейчас он окружен высоким лесом, а в прошлом был виден с дороги и с моря. Под Александровской горой в середине XIX века был устроен валунный амбар с ледником для хранения припасов. Сейчас он засыпан землей и порос травой, отчего производит впечатление глубокой древности. Интересно устройство ледника, как типичной для своего времени постройки. Вырытая в земле яма обкладывалась по периметру валунами, а сверху надстраивался небольшой каменный же навес. В конце зимы яму наполняли льдом (иногда присыпая его сверху опилками). Получался естественный термос — лед внутри такой каменной ямы таял очень медленно, поддерживая достаточно холодную температуру для хранения быстро портящихся продуктов. Растаявшая вода стекала в меньшую по размеру яму, устроенную ниже уровня основного объема.
Рядом с ледником сохранился фундамент воскобелильного завода. Технология отбеливания воска была такова. Был устроен небольшой цех с металлическими чанами для нагрева воды. После того, как вода нагревалась, ее по деревянным и керамическим трубам направляли к большому деревянному чану, куда помещали крупные куски дешевого воска-сырца, имевшего грязновато-желтый или серый цвет. Воск не должен был контактировать с металлом, поэтому воду сначала нагревали отдельно, и уже горячей подавали в деревянную емкость. Воск начинал плавиться и тонкими пластинами всплывать на поверхность, где его собирали и, после того, как он остывал, стругали и рассыпали на столы, установленные на месте современных длинных гряд с цветами. Разложенный на столах воск отбеливался естественным образом под солнцем и дождем за две-три недели. Для лучшего отбеливания воск неоднократно переворачивали деревянными лопаточками, предварительно сбрызнув водой.
Монахи, как рачительные хозяева, не хотели терять большое количество горячей воды, остающейся после расплавления воска. Родилась идея устроить обогреваемые горячей водой парники, в которых выращивались виноград, арбузы, дыни. Здесь же была цветочная оранжерея. «Тут росли арбузы, дыни, огурцы и персики. Печи были устроены с теплопроводами под почвой, на которой росли плодовые деревья», - писал Немирович-Данченко в 1874 году.
Большие работы по акклиматизации привозных растенийпроводились в 20-30-х годах Соловецким обществом краеведения. Были высажены и выращены пихта сибирская, туя западная, тополь бальзамический, яблоня сливолистная, боярышник желтокорый, вишня птичья, а также декоративные деревья и с кустарники, такие, как калина, орешник, барбарис, чай курильский, и многие другие.
Среди заключенных СЛОНа был выдающийся ботаник Владимир Николаевич Дегтярев, осужденный «за шпионаж» из-за двух букв в частном письме из-за границы сокращение ВК, означавшее город Вера-Круз (Веракрус), чекисты истолковали как «великий князь». На Соловках Дегтярев заведовал парниками в Сельхозе и занимался акклиматизацией растений, саженцы которых ему присылали коллеги-ботаники из разных стран (как ни странно, в 20-е годы было возможно и такое). Он создал дендрологический питомник, в разных местах сада высаживал цветы. Сохранилась статья 1927 года, где перечислены однолетние цветочные растения, успешно выращенные Дегтяревым: анютины глазки, карликовые астры, бархатцы, маргаритки, девица в зелени, просвирник, лжепросвирник, низкая настурция, ромашка, ноготки, портулак, резеда, скабиоза, душистый табак, хмель, пиретрум2. В 1929 году ученый был повторно обвинен в заговоре и погиб. Неизвестно, умер он от болезни в заключении или был расстрелян. Памятником СЛОНа стала лиственничная аллея, ведущая к дому архимандрита, была посажена заключенными в 1933 году.
После войны за находящимся на территории исторической пустыни садом ухаживали соловецкие школьники, а с 1974 года Ботанический сад является под разделением Соловецкого музея-заповедника. Это один из самых высокоширотных Ботанических садов в мире. Общая охраняемая площадь сада равняется примерно 14 га. Из них культурными растениями занято примерно 4-4,5 га, остальную территорию сада занимает лесопарковая зона. В саду проводится планомерная научно-исследовательская работа по акклиматизации растений.
В настоящее время постоянно пополняющаяся коллекция Ботанического сада насчитывает более 950 видов и сортов растений из Средней Европы, Сибири, Средней Азии и даже Северной Америки. Заложены коллекционные участки, делянки для апробации культурных растений, несколько цветочно-декоративных экспозиций. Одной из задач сотрудников Соловецкого музея-заповедника является также восстановление исторического облика сада, сохранение памятников и посадок монастырского и лагерного периодов…»
Из книги: Никона (Осипенко), монахиня. Соловецкая обитель: история и святыни: книга паломника / [Никона (Осипенко), монахиня]; Спасо-Преображен. Соловец. ставропиг. муж. монастырь. - Соловки: Издание Соловецкого монастыря, 2017, стр. 578-581.