Часовня была построена более 100 лет назад к 200-летию города. Она была поставлена в память о разобраной деревянной Богоявленской церкви по проекту профессора архитектуры В.Косякова и архитектора А. Витселя. Закдадка часовни состоялась в 1903 году в присутствии адмирала Макарова.
В советское время часовня была заброшена и практически разрушена.
Восстановлена в 2003 году к 300-летию Крондштадта.