В 1666 г. в монастыре была построена каменная церковь во имя преп. Никона, Радонежского чудотв., с придельным престолом св. и чудотв. Николая. Отдельно же существовавшая деревянная Николаевская церковь была упразднена. В 1685 г. снова была построена отдельная деревянная церковь во имя Николая чудотв. и стояла до 1710 г., а в этом году, во время бывшего в Юрьеве пожара, сгорела. В том же пожаре сгорела и соборная деревянная монастырская церковь Введения Пресвятой Богородицы. От этого пожара в монастыре сохранилась только одна Никоновская церковь.

В 1725 г. к Никоновской церкви был пристроен, вместо сгоревшей Введенской церкви, каменный придел в честь Введения Пресвятой Богородицы, но в 1763-66 гг. усердием игуменьи монастыря Агафии и прихожан снова была построена соборная церковь в честь Введения Богородицы, зданием каменная, пятиглавая. С построением ее в Никоновской церкви Введенский престол был переименован в Николаевский престол.

В.Г. Добронравов, В.Д. Березин «Историко-статистическое описание церквей и приходов Владимирской епархии», выпуск 3. Губ. гор. Владимир, Типо-Литография В.А. Паркова, 1896 г.