Первоначальные сведения о существовании монастыря на этом месте находятся в переписной книге 7154 г. (1646) "дозору и переписи князя Ивана Семеновича Вяземского да подьячего Левотья Нестерова Тотме, посаду и всему Тотемскому уезду" (Кн. 15049). В этой книге, на обороте 135-го листа, записано: "Да на Тотме за Сухоною рекою против речки Песьей Деньги новая пустыня, а в ней церковь Стретения Пречистые Богородицы иконы Владимирские. Церковь другая Алексия митрополита Московского и всея Руси чудотворца. На церковной (136 л.) монастырской земле в келье поп Иона да коровье дворце вкладчик Томилко Игнатьев с сыном с Кондрашкою. На том же дворе живут церковной дьячек Ивашко Плетнев да пономарь Елизарко Денисов Попов; поселились и церкви поставили после писцов Фоки Дурова да подьячего Остафья Колюпанова. И всего в новой пустыне две церкви да в келье черной поп, да на коровье дворце четыре человека". Перепись, произведенная писцами Ф. Дуровым и Евст. Колюпановым, была в 1623-1625 годах. Через сколько лет спустя после этой переписи основалась на этом месте новая пустынь, к сожалению, определенно сказать нельзя. Должно быть, незадолго до переписи 1646 г., так как число братии, как видим, было еще очень невелико, да и земельных вложений у пустыни еще нет.
К следующей переписи, через 30 лет, новая пустыня вполне устроилась. В писцовых книгах 1676-1679 гг. о ней уже сказано: "Пустыня новая на реке на Сухоне, на дикой стороне, против посаду и Песьей Деньгой. В пустыне церковь Пречистые Богородицы Владимирские древяная, клецки, верх шатровой. В церкви образов местных: образ Пречистые Богородицы Владимирские с чудесами, в киоте на золоте... Другая церковь великих святителей Петра и Алексея и Ионы да в пределе Изосимы и Саватия соловецких чюдотворцев, древяная, клецки, теплая, с трапезою. В церкви образов местных... Колокольня на столбах. На колокольне 6 колоколов медных. На монастыре три кельи да хлебня, а в них живут черной поп Ефросин да два брата иноков. За монастырем двор скотей, а в нем живут работные люди. А монастырской пашни паханые худые земли чет в поле, а в дву потому ж. Сена по речке по Ковде да на реке на Сухоне вверх на ходючей стороне на переволоке, против Дедова острова, да на дикой стороне по Внуковскому ручью в трех местах, да по тому ж ручью два закосца, да на Черной речке, да по речке на Ковде на пожнях, всего 30 копен. Да к той же пустыни меж Печенские и Вотчинские волостей займище Блохина гора с исадными починками лежат впусте, - пашни и сенных покосов нет. Да к той же пустыне две пустоши Рудинские, - оброку платят в съезжую избу по гривне в год" (Кн. 482, об. 419 л. и 420-423 л. л.). В книге подробно перечислены иконы, сосуды, ризы и книги, находившиеся в монастырских церквах.
В переписной книге тех же писцов; Богдана Засецкого да подьячего Емельяна Телицина 1677-1678 годов (Кн. 15050, л. 112), о пустыне сказано почти то же самое, но несколько короче: "Пустыня построена вновь на реке Сухоне, на дикой стороне против посада. А в ней церковь Стретение Пресв. Богородицы Владимирская, древяна, клецки, верх шатровой. Другая церковь Петра и Алексея и Ионы московских чудотворцев, древяна, клецки, с трапезою, о дву верхах. Да на монастыре три кельи да хлебня: черной поп Ефросин да два брата иноков да три бельца-вкладчика; двор скотей, а в нем живут работные наемные люди", и т. д.
Мужской Богородский монастырь за р. Сухоной существовал до 1681 года. В челобитной священников г. Тотьмы на тотемского стольника и воеводу Н. Юшкова 1689 г. (7191) помечен и подписался "Из-за Сухоны реки пустыни Пресв. Богородицы Владимирские поп Иоанн" (См.: С. А. Белокуров, Материалы для Русской Истории, М., 1888 г., стр. 383). Но здесь почему-то не отмечено, какой пустыни: мужской или женской. Зато в писцовых книгах 1687-1688 гг. не только описана пустынь, но отмечены и все проишедшие в ней перемены. А именно: "Пустыня новая на реке на Сухоне, на дикой стороне, против посаду и речки Песьи Деньги. В пустыне церковь Пресв. Богородицы Владимирские, древяна, верх шатровой. Другая церковь триех святителей: Петра и Алексея, Ионы и Филиппа Московских чудотворцев, построена вновь, теплая, с трапезою. Колокольня над вороты, рубленая. На колокольне 6 колоколов. На монастыре три кельи да хлебня, а в них живут игуменья Ульянея, с сестрами,- 15 сестер. А что жили преж сего старицы, и они переведены по указу блаженные памяти великого Государя и великого Князя Феодора Алексеевича всея великия и малыя и белые России Самодержавца и по грамоте в Суморин монастырь во 189 (1681) году. А по указу Великих Государей и по грамоте, велено игуменье Ульянее с сестрами давать Государеваго жалованья из таможенных доходов головам со 192 (1684) году игуменьи с сестрами по пятидесяти рублий, попу с причетники по пять рублев (по 65 р.). За монастырем двор скотей, а в нем живет скотник Данилко Лунин (?) сын Хромой да работные наемные люди, наймуютца погодно. Пашни паханые худые земли четверть пашни в поле, а в дву потому ж. Сена на реке на Ковде да на реке Сухоне вверх ходучей стороне на переволоке против Дедова острова, да на дикой стороне по Внуковскому ручью в трех местах, да по тому ж ручью два закосца, да на Черной речке, да на речке Ковде на пожнях, - всего 30 копен. Да к той же пустыне меж Печенгской и Вотчинской волостями займище Блохина гора с исадными починками впусте, пашни сенных покосов нет. Да к той же пустыне дае пустоши Рудинские, а на тех пустошах половники: Лучка Степанов сын Ша-лаевской з детми с Кирилком да с Петрушкою. Да к той же пустыне пустош Губаревская на реке на Сухоне и усть речки Черной. Пашни паханой земли полосмины да лесом поросло две чети без полуосмины в поле, а в дву потому ж, лесу пашенного 6 десятин, а непашенного 10 десятин. Владеют тою пустошью новые пустыни Пресв. Богородицы Владимирские игуменья Ульянея с сестрами: на льготные годы отдано, на двадцать лет, со 182 по 202 год" (с 1674 по 1694 г.).
"Во льготные годы велено оброку платить в приказную избу по двадцати по одному алтыну на год и с пошлинами. А как льготные годы отойдут, и им платить всякие государския подати з живущего с полчети выть. Да к той же пустыне, по указу блаженныя памяти Великого Государя Царя и Великого Князя Феодора Алексеевича всея великие и малые и белые Росии Самодержавца и по грамоте, дана ж пожня (возле деревни Выползово), что владели Воскресенские священники до 196 (1688) году. Против челобития Воскресенских священников и прихожан, по прежним писцовым книгам Фоки Дурова да подьячего Остафья Колюпанова 133 (1625) году и по данной Митрошки Плотника 116 (1608) году, тою пожнею велено владеть к церкве Воскресению Христову по-прежнему, а игуменье с сестрами от тое пожни было отказано. И во 196 (1688) году прислана Великих Государей Царей и Великих Князей Иоанна Алексеевича, Петра Алексеевича и великие Государыни Благоверные Царевны и Великия Княжны Софии Алексеевны всея великия и Малыя белыя Росии Самодержцев грамота к писцам: к Никифору Кондратьевичу Озерову да к подьячему Ивану Гордееву. А по той великих государей грамоте, велено той пожней владеть Новодевичья монастыря игуменье с сестрами, и в писцовых книгах записать за монастырем именно, а Воскресенским прихожанам к церкви той пожней владеть не велено. И по указу Великих Государей и по грамоте, от прихожанам той пожней к церкве не владеть".
Кроме того, по указу же Великих Государей, как было уже сказано выше (в описании Зелени), Новодевичьему монастырю были даны безоброчно рыбные ловли в реке Сухоне (Прим. Кн. 891, л. 156). Из книг тех же писцов следует, что в число сестер "по указу Великих Государей и по грамоте, во 190 (1682) году были переведены за реку Сухону в Пречистенскую пустынь" нищие-старицы, жившие до этого времени в кельях при городских церквах: Рождественской, Предтеченской, Георгиевской, Воскресенской и Воскресенской у варниц (Прим. Кн. 891, об. 37 л., об. 56 л., 72 л. и об. 132 л.), и что священником в Новодевичьем монастыре состоял иромонах Суморина монастыря Иона, служивший ранее священником в Богоявленском соборе.
В "Истории Российской иерархии" о Тотемском Богородицком девичьем монастыре напечатано: "Тотёмский Богородицкий девичь монастырь, упраздненный при штатах 1764 года, находился в бывшей Велико-Устюжской, а ныне Вологодской Епархии, в городе Тотьме за рекою Сухоною, на правом берегу противу самого города, где ныне Заречная слобода, и в ней осталась еще каменная большая монастырская церковь приходскою. Когда основан был сей монастырь, неизвестно: однако ж значится существовавшим еще при составлении переписных книг 7186 или 1678 года, в коих он был и написан, но без всякой земли и владений. А по грамоте Государей Царей Иоанна Алексеевича и Петра Алексеевича и Царевны Софии Алексеевны, жалованной в 7194 (1686) году, дана монастырю сему четвертная пашня, на 2 четверти в поле и в двух по тому ж: да сенокосу на 50 копен или 150 пуд: да из Томской воеводской Канцелярии велено выдавать монастырю сему жалованья по 65 рублей и на монастырския потребности по 28 рублей на год. Тою же грамотою положено быть, кроме Игуменьи, 30 сестрам, одному священнику, дьячку и пономарю. После, до 1736 года отпускалось только половинное число упомянутаго денежнаго жалования, а с 1736 все остановлено".
Сравнивая эти сведения с вышеприведенными, выписанными из подлинных писцовых книг, мы видим, что они во многом далеки от истины и спутаны. Во-первых, никакой Заречной слободы против г. Тотьмы в 1812-1815 гг. (последний - год издания книги) да и ранее не бывало. В ревизских сказках седьмой ревизии 1816-го года, сохранившихся в архивах Тотемского казначейства в Окологороднои волости, за рекой Сухоной показана только деревня Пономареве (Выползово тож), а в ней жителей 15 муж. пола и 19 жен. пола. Но эта деревня занесена уже в писцовые книги 1620 г. (Кн. 479, л. 66) и затем значится и во всех книгах переписей последующих годов, о Заречной же слободе ни в одной из них не упоминается. Нет упоминания об ней и в "Ведомости, учиненной об учрежденных по Тотемской округе волостных правлениях и новом составе волостей на 1793 г. (Прим. Архив Тотемского казначейства, дела 1-го разряда, указы) и в окладных книгах Тотемского Казначейства последующих годов.
Очевидно, автор "Истории Церк. Иерархии" перепутал: назвал Зеленскую слободу Заречной и перенес ее из-за реки Песьей Деньги за р. Сухону. Во-вторых, Богородская пустынь значится существовавшей "без всякой земли и владений" в переписных книгах 1646 г., а не 1678, и притом - мужской, а не женской. В книгах же 1676-1679 гг. Богородский монастырь тоже записан мужским и с землею и другими угодьями, которые потом, при преобразовании монастыря, и перешли к женскому монастырю. И в-третьих, о преобразовании монастыря и сведениях, приводимых автором "Истории Рос. Иерархии", хотя с большим изменением, сказано в писцовых книгах 1687-1688 гг. Насколько достоверны сведения о дальнейшей выдаче жалованья монастырю, приводимые автором, положительно сказать не можем.
В 1764 г., при учреждении штатов, Богородицкий девичий монастырь был назначен к упразднению, а церковь решено было обратить в приходскую. Но на самом деле монастырь существовал до 1768 г. В этом году, по закрытии монастыря, игуменья его Мария (Анцининых) и 16 монахинь были переведены во вновь преобразованный Устюжский Иоанна-Предтеченский женский монастырь. Богородская церковь была обращена сначала в приходскую, а затем - в городскую кладбищенскую с самостоятельным причтом. С какого времени она была обращена в кладбищенскую, точных сведении не имеем. В 1791-м году она была еще приходскою а в 1810-м году - уже городскою кладбищенскою. С 1816 года Богородская церковь приписана Богоявленскому собору и с того времени не имеет отдельного причта.
В настоящее время в Богородской церкви о бывшем монастыре напоминают только два колокола на колокольне. Надпись на одном из этих колоколов говорит еще как бы о существующем монастыре: "1701 году вылит сей колокол в дом Пресвятыя Богородицы в девич монастырь при игумение Улиании и при священнике Константине". На другом надпись уже говорит о бывшем монастыре: "1775 году генваря перваго дня куплен сей колокол в Москве в город Тотьму в былой (или: бывый) девич монастырь на казенные деньги".
По церковной же летописи существующая кладбищенская Богородская церковь построена и освящена в 1797 г. и затем, после значительных переделок, вновь освящена в 1857 году. По той же летописи, придел в честь иконы Божией Матери "Утоли моя печали" вновь построен в 1854 год и в 1855 году освящен. Между тем, как в отношении из Тотемского Духовного Комитета, от 29 марта 1857 г., за № 2, сказано, "что в архиве Тотемского Духовного Правления найдены: "...3., дела с описями храмозданными грамотами (в копии) о построении церквей: Владимирской - бывшаго девичья монастыря - 1752 г...". Кроме того, и надписи на сохранившихся в церкви двух храмозданных деревянных крестах говорят иное. На одном из них: "Освятися жертвенникъ Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа во храмъ Пресв. Богородицы Владимирския при державы... Елисаветы Петровны... по благословлению преосвящ. Варлаама, еп. Велико-Устюжскаго и Тотемскаго въ лето 7267 от Р. Хр. 1759 месяца Iунiа 25 на память преп. Феврошя", а на другом: "Освятися жертвенникъ... во храмъ четырехъ святителей Петра, Алекоя, Iоны и Филиппа митрополитовъ Московскихъ... (то же самое) ...въ лето 7263 отъ Р. Хр. 1755 фев. 17 дня на память влм. Феодора Тирона". Затем П. И. Челищев, посетивший Тотьму в 1791 г., в своем дневнике при перечислении городских каменных церквей, пишет: "...на другой стороне Сухоны, где до штатного положения был девичий монастырь, а ныне приходская ж, церковь; в ней настоящий для летнего служения теплый придел - Святителям Христовым Петру, Алексею, Ионе и Филиппу Московским чудотворцам. Таким образом, в церковной летописи, очевидно, допущена ошибка: разрешение на постройку было выдано в 1752 г., а годами окончательного устройства и освящения Богородской церкви с ее приделом нужно считать 1755 и 1759, т. е. еще во время существования девичья монастыря, а не 1797 и 1854; кроме того, придел был первоначально освящен в честь Московских святителей и притом раньше главного храма, внутренняя отделка которого почему-то затянулась на четыре года. В 1854 году придел был не вновь построен, а только после ремонта переосвящен в честь иконы Божией Матери "Утоли моя печали".
Архитектура существующего храма, если отбросить все позднейшие поправки, говорит о том, что здание первоначально было построено в русском стиле, может быть, с примесью барокко. С северной стороны большая часть прямоугольных окон трапезы и храма украшена кокошниками со стрелкой, одно окно без него и одно окно, крайнее к алтарю, украшено фронтоном в стиле барокко, как и все окна второго яруса. Эти фронтоны, составленные как бы из переломленного карниза, сходны с фронтонами окон городских церквей Предтеченской и Воскресенской и, по-видимому, особенно в нижнем ярусе, сделаны при Богородской церкви в позднейшее время. Вход с северной стороны в холодную церковь устроен вместо бывшего окна, так как часть кокошника, украшавшего окно, уцелела и виднеется над крышею крыльца. Окна алтаря почти квадратные и украшены только наличниками. Окна в приделе, кроме алтарного, все украшены кокошниками.
Крыльцо-паперть с запада пристроено вновь, на что указывает верхняя часть наличника входной арки, которая срублена и находится под крышей паперти. Главки, увенчивающие четверик храма, построены вновь, что заметно по старым каменным барабанам, украшенным по бокам колонками, и по деревянной надстройке у средней главы. У основания барабанов сохранились еще полукруглые закомары. Вероятно, в прежнее время, до переделок, храм был увенчан обычным пятиглавием. Стены храма украшены пилястрами. Колокольня состоит из двух четвериков. Основной четверик по углам с рустиками. Углы второго четверика, в котором помещается звон, округлены, и благодаря сильно выступающим наличникам окон верхний ярус колокольни издали кажется восьмиугольным. Колокольня увенчана шпилем.
Когда была построена колокольня, в церковной летописи нет указаний, но, судя по стилю ее, во всяком случае не ранее XIX века и, вероятно, одновременно с перестройкой церквей в 1854-1856 годах. Возможно, что первоначально колокольня была шатровая, на что отчасти указывает вход на колокольню, устроенный против обычая: первая лестница, как у всех церквей, идет в стене нижнего четверика и неожиданно выводит вас под крышу над трапезой; отсюда, пройдя небольшое пространство над трапезой, вы снова входите в колокольню и уже по второй лестнице поднимаетесь к звону. Что послужило причиной для указанных поправок и переделок первоначального здания, неизвестно.
Внутреннее убранство обоих приделов Богородской церкви (иконостасы, иконы и настенная живопись) новое, XIX века, и довольно простое. Из древних икон сохранилось лишь несколько в алтаре: икона Владимирской Божией Матери за жертвенником и несколько пядничных икон, размещенных по стенам алтарей. Упоминаемая в "Описании приписных церквей к Богоявленскому собору"114 икона преподобных Зосимы и Савватия Соловецких чудотворцев,- дар в 1684 г. князя Василия Одоевского в Богородский девичий монастырь,- находится за левым клиросом в теплом приделе и едва ли не заменена новою, так как надпись жертвователя оказалась не внизу оклада, как сказано в описании, а на задней стороне доски и написана хотя славянскими буквами, но нынешними чернилами. Кроме того, задняя сторона доски совершенно белая, как у новой иконы.
https://gorodtotma.ru/page,2,302-kladbishhenskaja-bogorodskaja-cerkov.html