Входоиерусалимская церковь является последним, самым значимым и эффектным памятником тотемского бароко в городе. Это монументальное здание впечатляет устремлённостью всех форм вверх и декоративностью оформления. Безупречные пропорции, отсутствие горизонтальных тяг, ярусность завершения делают церковь лёгкой и стройной. Динамичная устремлённость вверх особенно заметна с восточной стороны, откуда храм представляется стройным многомачтовым кораблём с надутыми ветром парусами.
Входоиерусалимская церковь находится в северо-западной части Тотьмы, которую в старину называли Саблиным концом. Первоначально здесь находился деревянный храм Входа Господня в Иерусалим с приделом пророка Илии, сгоревший в 1743 году. Новую церковь возводили 17 лет (с 1774 по 1791 года) на средства богатых прихожан Г.А. и П.А. Пановых. Второй из них, Пётр Алексеевич, торговал мехами с Камчатки в пределах Российской империи и за границей, был личным поставщиком пушнины графа Орлова и князя Потёмкина. Нижний, зимний храм, где ныне находится Музей мореходов, освятили во имя праздника Входа Господня в Иерусалим. Верхняя, двусветная летняя церковь, была посвящена популярному на Русском Севере (в Поморье) Николаю Чудотворцу, покровителю всех путешественников по водам.
В начале прошлого века богатый иконостас верхнего храма привлекал широкое внимание и вызывал восхищение прихожан. Клейма на стенах церкви очень разнообразны и даже вычурны. Именно эти узорочья представляют собой высшую стадию развития барочных картушей в тотемской культовой архитектуре. Всего на стенах Входоиерусалимского храма можно насчитать не менее семи различных по композиции картушей. Пожалуй, признание этой церкви вершиной тотемского барокко полностью оправданно; конструкцию Входоиерусалимскому храму может составить лишь Троицкий Зашугомский храм, впечатление от которого снижают отсутствие реставрации и колокольня в ином стиле. Входоиерусалимский храм, как видно из церковных документов, не раз подновлялся и отчасти переделывался. По описи 1808 года, на колокольне были купол и глава, а по описи 1848 года - уже купол и шпиль. Во время городского пожара 1843 года на Входоиерусалимском храме обгорела крыша, купол, одна из глав, колокольня, вход в верхнюю церковь и паперть. После пожара вход в верхнюю церковь был переделан.
В советское время у Входоиерусалимской церкви были разобраны завершение колокольни, барабан главки над алтарной апсидой, входная арка крыльца. Оформление интерьера храма было почти полностью утрачено. Долгое время в помещениях самого великолепного памятника тотемского стиля находились цеха завода по производству алкогольных и безалкогольных напитков. Реставрационные работы, позволившие восстановить облик храма практически в первозданном виде, были проведены в 1980-е, 1990-е, 2000-е годы; в 1996 году, к 300-летию российского флота, в помещениях церкви открылся Музей Мореходов.
7 августа 2010 года на звоннице вновь зазвучали колокола, средства на которые были собраны всем миром в рамках акции "Колокольный звон Тотьмы". Самые большие колокола были подарены городу меценатом, потомком тотемской купеческой династии Арсаковых - Владимиром Глазачевым, ныне проживающим в Калининграде. В 2017 году Музей мореходов готовится переехать в комплекс зданий усадьбы купца-морехода Фёдора Холодилова.
Входоиерусалимская церковь так и осталась вершиной тотемского барокко. К великому сожалению, дальнейшего развития этот стиль на Вологодчине не получил. Все остальные храмы были лишь вариациями на тему предыдущих, созданных ранее, без какого-либо продолжения в "украшательстве" стен картушами. На смену подлинному творчеству народа пришёл строго регламентированный стиль классицизм, а планы и фасады православных храмов стали выходить из кабинетов столичных чиновников-архитекторов и под строгим надзором внедряться в жизнь. Таким образом, можно сказать, что удачное совпадение относительно веротерпимых "женских" императорских правлений в России с наличием богатого купеческого капитала в Тотьме в конечном итоге и привело к созданию местной школы барокко.