При основании города Севастополя одним из первых сооружений была церковь во имя свт. Николая Чудотворца, в последствии именовавшаяся Севастопольским Адмиралтейским собором. По обе стороны одновременно с этим храмом были построены две часовни. К середине XIX века Адмиралтейский собор изрядно обветшал, и требовалась его перестройка в новый, более вместительный. В связи с этим в 1848 году капитан над Севастопольским портом контр-адмирал Рогуля обратился с просьбой к Главному Командиру Черноморского флота и портов М.П.Лазареву о разрешении перестроить по чертежу, составленному инженером штабс-капитаном Рулевым, одну из часовен, «хотя и ветхую, но крепкую капитальными стенами», находящуюся при Никольском соборе, в придельную церковь св. архистратига Михаила. Это ходатайство было одобрено. И с 4 июля 1848 года по конец 1849 года была осуществлена перестройка.
Антиминс для храма был освящен свт. Иннокентием Херсонским. Однако сама церковь освящена была только в июне 1850 года соборным причтом во главе с настоятелем Севастопольского Адмиралтейского собора протоиереем Иоанном Терлецким. В виду ветхости старого Никольского храма, во время обороны Севастополя, Михайловская церковь заменяла собою Севастопольский Адмиралтейский собор. В этой церкви в продолжение всей осады Севастополя непрерывно совершались Богослужения причтом Севастопольского Адмиралтейского собора; здесь, в этой церкви, были отпеты погребения славных защитников Севастополя — адмирала В.А.Корнилова, контр-адмирала В.И.Истомина и адмирала П.С.Нахимова.
1 марта 1855 года, после кончины Николая I, в храме и на церковной площади севастопольский гарнизон был приведен к присяге на верность императору Александру II.
К концу осады Севастополя, церковь настолько пострадала от неприятельских бомб и гранат, что 6 августа 1855 г. состоялось перенесение всех святынь Михайловской церкви в более безопасное место, — в казематы Николаевской батареи (ныне приморский бульвар). В 1857 году на средства подрядчика Ивана Красильникова начался ремонт храма. И только 10 октября 1870 года церковь была восстановлена.
24 сентября от святителя Гурия Епископа Таврического и Симферопольского получен был св. антиминс, для священнодействия в храме архистратига Михаила при Севастопольском адмиралтейском соборе.
В октябре церковь была освящена. Но богослужения в ней совершалось первоначально в зимнее время и 8(21) ноября, в день храмового праздника, а потом только 8 ноября.
В 1889 году храм стал полковой церковью 50-го пехотного Белостокского полка. К 50-летию 1-й обороны Севастополя на западном фасаде церкви были установлены 24 мраморные доски с наименованиями частей войск Севастопольского гарнизона, принимавших участие в обороне города.
После 1920 года богослужение в церкви было прекращено, в здании находилась читальня имени французского коммуниста А. Марти, с 1931-го — Дом санитарного просвещения, с 1968 года — 7-й (ныне 8-й) зал музея ЧФ РФ, где был представлен послевоенный период флота.
В 1996 году по благословению архиепископа Симферопольского и Крымского Лазаря в Севастополе регистрируется Русская Военно-морская Православная община св. Архистратига Михаила, в состав которой входят действующие и отставные офицеры Черноморского флота. Главной заботой общины было укрепление духовных и нравственных основ воинского служения Отечеству среди моряков-черноморцев, а так же возобновление богослужений в Михайловской церкви для военнослужащих и членов их семей.
В конце апреля 2000 года архиепископ Симферопольский и Крымский Лазарь назначает настоятелем храма св. архистратига Михаила иерея Александра Бондаренко.
21 ноября 2002 года, впервые после 80-летнего забвения, в Михайловском храме, была отслужена Божественная литургия. Это стало возможным благодаря встрече Управляющего Симферопольской и Крымской епархией Митрополита Лазаря и командующего Черноморским флотом вице-адмирала Масорина Владимира Васильевича, в результате которого было принято решение о проведении в Михайловском храме литургии в престольный праздник – Собор Архистратига Михаила, — 21 ноября. Такие богослужения стали проводится ежегодно.
С июля 2010 года, после вступления в должность командующего Черноморским флотом вице-адмирала Королева Владимира Ивановича, богослужения в Михайловском храме совершаются ежемесячно для военнослужащих и членов их семей.
В августе 2011 года новый командующий Черноморским флотом контр-адмирал Федотенков Александр Николаевич принимает решение о переносе экспозиции 8 зала музея из здания храма в новое помещение, с целью возрождения исторического облика воинского храма.
В ноябре 2012 года новый Министр обороны Российской Федерации Шойгу Сергей Кужугетович принимает решение о реставрации воинского храма св.Архистратига Михаила на средства военного ведомства России, силами ОАО Славянка под руководством Белавенцева Олега Евгеньевича.
В сентябре 2013 года к работам приступила «СК Мост» (директор Медведев Александр Рюрикович). За год выполнена реставрация фасадов, заменены окна, проведены работы по замене кровли на медную, установлен медный купол и крест, покрытые сусальным золотом, выполнена заменена ветхого деревянного перекрытия на железобетонные конструкции. Ялтинские мастера установили мраморный престол, жертвенник и резной иконостас, изготовленный в Коелге Челябинской области, Львовские специалисты изготовили уникальные бронзовые паникадила-хоросы с изображениями воинских символов: двуглавых орлов, якорей, Андреевских флагов и георгиевских крестов. Вход в храм украшают массивные медные двери с бронзовыми фигурами: якорями – символом спасения и рыбами – символом Иисуса Христа. Над дверями установлен витраж с изображением Архистратига Михаила. Мраморный пол храма украшен мозаикой. На стенах, облицованных уральским мрамором, будут написаны имена воинов, погибших на Черноморском флоте за 235-летнюю историю.
Роспись храма выполнена в ранневизантийском стиле минскими иконописцами. В алтарной абсиде написана Евхаристия, а в конхе –Богородица «Оранта». Свод украшают Собор Архангелов, а на стенах церковные праздники: Рождество Христово, Преображение, Вознесение, Сошествие во Ад (Воскресение), Сошествие Святого Духа на Апостолов, а так же евангельские события: Спасение утопающего Петра, Иисус укрощает бурю, Распятие Спасителя и Снятие со Креста. На западной стене написано Чудо Архистратига Михаила в Хонех и перенесение мощей свт. Спиридона Тримифунтского св. адмиралом Феодором Ушаковым на о. Корфу.
В цокольном этаже завершаются работы по строительству крестильного храма с баптистерием для полного погружения взрослых. Резной иконостас для нижнего храма изготавливает из альминского камня иерей Димитрий Горякин. Завершаются отделочные работы надвратной звонницы, для которой уже изготовлены в Ярославле 11 колоколов, самый большой весом 850 кг с образами Спасителя, Богородицы и преп. Сергия Радонежского, небесного покровителя Министра обороны Сергея Шойгу. На втором по величине колоколе изображения четырех адмиралов: Лазарева, Нахимова, Корнилова и Истомина.
Святыни храма: Киот с чстицей Креста Господня и мощей вмч. Георгия Победоносца и св. прав. Феодора Ушакова. Киот с мощами прп. старцев Глинских. Список Иверской иконы Божией Матери в феврале-марте 2014 года и икона Архистратига Михаила, написаны монахом Святой горы Афон Неофитом монастыря Симонапетра, попечением Чернятина Михаила Юрьевича. Икона покровителей моряков – ап. Андрея Первозванного, свт. Николая Чудотворца и св. прав. Феодора Ушакова. Образ был написан в Краснодаре по благословению митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора на народные пожертвования, привезена в Севастополь и передана гарнизонному храму Черноморского Флота членами общественной организации «Глубинка» (Краснодар).
С сайта храма Архистратига Михаила в Севастополе http://arkhmihail.cerkov.ru
