Расположена церковь Иоанна Предтечи очень своеобразно. Не на горе, как остальные Саровские храмы и сам монастырь, а у её подошвы, к тому же на высоком арочном подклете. Особенности архитектуры объясняются тем, что церковь эта была поставлена прямо над источником, бившим когда-то из-под горы. Он давал начало короткому ручейку, впадавшему в Сатис. Рядом с этим источником появились одни из первых построек монахов, поселение которых позднее переросло в Саровскую пустынь. Именно здесь, у источника по первоначальному замыслу строитель Иоанн предполагал поставить первый саровский храм, но потом переменил своё решение. Отсюда и неофициальное название церкви - «храм над колодцем первоначальника».
Возведение каменной церкви Иоанна Предтечи над источником началось при строителе Филарете (1747-1749), было продолжено при Маркелле (1749-1751) и завершилось освящением 13 сентября 1752 года. Церковь была небольшая, однопрестольная, с одной главой. Выбор названия для церкви над источником А.Н. Муравьёв объяснял следующим образом: «...весьма прилично посвящена она Крестителю, над водами, на коих совершается освящение Иорданское ...». В 1812 году была сделана каменная лестница, ведшая вниз к церкви по крутому откосу. Она строилась бригадой темниковских каменщиков под началом купца Андрея Мартыновича Ситникова и мещанина Ивана Алексеевича Телятникова.
В первоначальном виде церковь простояла около 70 лет. В 1820 году Саров посетил известный уже нам астраханский рыбопромышленник коллежский асессор Кирилл Фёдорович Фёдоров, пожелавший пожертвовать деньги на расширение этого храма. В 1821 году старая церковь была разобрана и началось строительство новой. Строительные работы окончились в 1824 году, на них К.Ф. Фёдоровым было пожертвовано 30580 рублей, и ещё 10 000 рублей он передал на содержание храма.
По желанию Фёдорова церковь была сделана трёхпрестольной: помимо главного престола, сохранённого во имя Иоанна Предтечи, два дополнительных престола в приделах были посвящены святым дня рождения и тезоименитства Фёдорова - апостолу Иакову Алфееву и Кириллу Иерусалимскому. Главный престол был освящён 19 июня 1827 года (по другим данным - 26 июня) епископом Тамбовским Афанасием (Телятьевым). Левый придел Иакова Алфеева - 30 сентября 1828 года настоятелем Нифонтом, и правый - Кирилла Иерусалимского - 1 июля 1834 года епископом Тамбовским Арсением (Москвиным).
Новая церковь имела 5 глав, была в длину 21 м, в ширину 15 м и в высоту 38 м. Церковь не отапливалась. Архитектурный стиль здания - классицизм. Основываясь на особенностях постройки и декора, арзамасский писатель и краевед П. Еремеев предположил, что автором проекта церкви Иоанна Предтечи был его земляк архитектор М.П. Коринфский, построивший знаменитый Воскресенский собор в Арзамасе.
Одновременно со строительством церкви шло сооружение монастырского водопровода. Вода источника, находившегося под церковью, насосом подавалась по трубам наверх. Делалось это при помощи «машины с одноконным лошадиным приводом». Резервуар для воды ёмкостью 500 вёдер находился в северо-восточной угловой башне (снесённой), получившей из-за этого название Водяной. Из бака по деревянным трубам вода шла в квасоварню, хлебную, больницу и другие здания монастыря. Чугунные части водоподъёмной машины были изготовлены на Выксунском заводе в 1823 году.
Проектировал и строил Саровский водопровод мастер Егор Михайлов. Михайлов - не фамилия, а старинная форма отчества. Имя этого человека, много сделавшего для Саровской пустыни, нам уже встречалось. Уроженец Нижегородской губернии, по профессии плотник, Егор Михайлов отправился в 1812 году на заработки в Москву. Столица в это время восстанавливалась после нашествия Наполеона, и требовалось много рабочих рук. Егор Михайлов попал на работу к одному архитектору французу (имя его не известно), у которого, по-видимому, многому научился. Возвратившись из Москвы, он стал уже самостоятельным специалистом по строительным работам. Егор Михайлов осел в Арзамасе при Алексеевском женском монастыре. Строил он в этом монастыре, а также и в других городах. Известно, например, что он работал в Темникове, Кирсанове, Сарове.
В 1841 году Егор Михайлов перебрался на постоянное житьё в Саровскую пустынь, и в 1845 году принял монашество с именем Михаил. В монастырской ведомости о монахе Михаиле было записано: «послушание несёт в смотрении бываемых разных построек в обители». Все строительные работы в 1840-х годах выполнены под его руководством: перестройки церквей Живоносного Источника (1843-1846 гг.) и Зосимо-Савватиевской (1848-1849 гг.), Успенского собора (1851 г.), строительство купеческой гостиницы (1847 г.). Умер Егор Михайлов в 1869 году в глубокой старости.
Источник под церковью Иоанна Предтечи использовался не только для монастырского водопровода. К бассейну, в который был заключён источник, по праздникам совершался крестный ход и там служились молебны с водоосвящением. В 1893 году своды над колодцем под церковью были отделаны и расписаны, арки закрыты застеклёнными решётками. Годом раньше, в 1892-м, склон холма у церкви был укреплён кирпичной кладкой и контрфорсами.
Церковь Иоанна Предтечи сохранилась в изуродованном виде - снесены купола с главами, внутренний объём разделён на этажи.
По материалам: Архитектура Саровской пустыни, http://serafimov.narod.ru/bibl/sar/sar4_0.html