Главное здание ансамбля Молчанского монастыря - церковь Рождества Богородицы состоит из трёх башен типа восьмерик на четверике. Из них центральная - самая высокая - неф церкви Рождества Богородицы, к ней с востока примыкает башнеобразный объем алтаря, с севера - теплый храм-придел.
Наиболее древней частью является квадратный в плане алтарь церкви. Его нижняя часть, по преданию, первоначально будто бы была оборонительной башней, а в 1636 г., когда возвели неф церкви, была превращена в алтарь: над кубовидным нижним объемом соорудили высокий восьмерик с декоративным куполом, которому в XVIII в. придали барочную форму и увенчали невысокой главкой. В этой части, собственно башне, сохранились первоначальные своды, а в толще стены небольшого диаметра винтообразные каналы, благодаря которым, находясь в верхней камере, над сводами алтаря, можно было подслушивать, что происходит в нижнем помещении. Древняя кладка продолжается в стенах восьмерика на высоту около трех метров. Окна, которые есть сейчас в нижней части алтарной башни, сделаны позже (они частично разрушили ниши-кессоны).
Чтобы зрительно облегчить тяжелый кубический массив алтарной части и вместе с тем украсить его, мастер декорирует стены четверика по всей их высоте четырьмя рядами кессонов-ширинок, расположенных в шахматном порядке, и сплошным поясом трехуступчатых ниш острой треугольной формы с узким «городчатым» пояском над ними; высокий аттик с тремя декоративными закомарами венчает его стены. Светотень хорошо выявляет нарядное узорочье стен алтаря; они выглядят подобно фрагменту громадной украинской плахты, орнаментированной узором из квадратов «в шашку» с каймой. Треугольные разорванные фронтончики с гирькой, украшающие окна, кессоны-ширинки, колонки с перехватом- дынькой, расположенные вокруг окон, - все это взято из русской архитектуры XVI–XVII в.в.
Центральный объем храма Рождества Богородицы приподнят на довольно высокий подклет, в котором размещалась трапезная. Ввиду того что подклет шире храма, на уровне пола последнего первоначально с юга и запада была устроена аркада-галерея. Подклет зодчему нужен был не только для чисто практических целей, но также и для того, чтобы зрительно создать впечатление величественности церкви, в то время как галерея-аркада призвана облегчить тяжесть ее кубического массива. Этой задаче подчинен и декор здания. На уровне пола на его фасадах проходит горизонтальный поясок, выявляющий внутреннее пространство, перекрытое сводами. Хотя в интерьере и нет опорных столбов, но на стенах сделаны по традиции, как в древнерусских храмах, лопатки-пилястры.
Выше галереи четверик церкви имеет вид куба. Гладь его стен оживляют с юга и запада перспективные порталы и на каждом фасаде - пилястры и три окна. Над окнами проходит горизонтальный пояс, который вместе с расположенным выше карнизом придают этой части стен вид аттика. И треугольные фронтончики с гирьками, и пилястры, и аттик, безусловно, свидетельствуют о творческой переработке мастером, строящим это сооружение, мотивов архитектуры Возрождения.
Восьмерик, завершающий церковь Рождества Богородицы, одной ширины с четвериком. Его грани декорированы пучковыми полуколоннами, а на глади стен очень хорошо читаются оконные проемы в обрамлении полуколоннок, состоящих из дынек, нанизанных как бы бусы и завершенных треугольными, разорванными фронтончиками с гирьками. Первоначальная глава имела характерную для украинской архитектуры грушевидную форму и завершалась фонариком с маковкой. В конце XIX в., во время ремонтных работ, ее переделали, вместо деревянных кружал применили прямые металлические стропила, а над фонариком вместо грушевидной главы возвели луковичную главку.
Теплый храм-придел приставлен вплотную к главной башне с севера и является самой низкой из всех трех башен. Он также представляет собой структуру типа восьмерик на четверике, но отличается от основной башни и от алтарной тем, что его архитектура проще. На каждом фасаде у него только по одному окну, а угловые лопатки-пилястры начинаются только с половины высоты. Грани восьмерика имеют крепованные, как бы наложенные одна на другую неширокие пилястры; его очна, так же как и окна главной башни, украшены наличниками, колонками и фронтончиками. На небольшом расстоянии от верха, так же как и на алтарной башне, здесь проходит карниз. Он декорирован арочками и кронштейнами- гирьками. Ритм арочек и гирек придает венчанию северного придела нарядность.
Внутри собор Рождества Богородицы сейчас выглядит бедно, так как нет иконостаса, который когда-то занимал всю его восточную стену. Боковая дверь ведет в северный теплый храм-придел. Его внутреннее пространство более «зажато» и вытянуто ввысь. Переход от четверика к восьмерику здесь осуществлен конструкцией ступенчатых конических арочек- сводов.
Григорий Никонович Логвин «Чернигов. Новгород-Северский. Глухов. Путивль».