Надвратная Преображенская церковь над Святыми воротами монастыря сооружена в 1689 г. В монастырской описи 1700 г. она упомянута как "строение новое". Обращённые к реке Яхроме ворота известны с 1623 г. Однопролётные, перекрытые коробовым сводом, они несут бесстолпный одноглавый четверик храма. Фасады его завершены развитием антаблементом с фризом, заполненным декоративными кокошниками. Под поздней штукатуркой местами виден прежний карниз с "бегунцом". Большинство окон переделано в XIX в. Убранство интерьера утрачено.

Из книги "Николо-Пешношский монастырь", ООО" Родники", Дмитров, 2012г.

Длина храма составляет 12 метров, ширина - 8,5 метров. Вход в церковь - с северной стороны, по белокаменной лестнице. В прежние времена в храме имелись золочёный резной иконостас и греческие иконы в серебряных окладах. После её закрытия в 1920-х годах элементы интерьера и завершение оказались утрачены. Церковь была сильно повреждена немецкими снарядами в декабре 1941 года.

С 1966 года в зданиях монастыря разместился Психоневрологический интернат №3 г. Москвы. Не остался в стороне и этот монастырский храм - он использовался как картонажный цех, гараж, жилые помещения. После передачи монастырских зданий Русской Православной Церкви, Преображенская церковь реставрировалась в 2010-2012 гг. под наблюдением регионального архитектора правительства Московской области Игоря Юрьевича Коровина компанией ООО "АРМ Аркада НТ", интерьром занимался московский архитектор-реставратор Виталий Евгеньевич Царин. В 2012 году праздник иконы Божией Матери "Нечаянная Радость" (22 декабря) для Николо-Пешношского монастыря стал особенно торжественным: состоялось великое освящение надвратного храма в честь Преображения Господня, которое провёл епископ Серпуховской Роман. По совершении чина великого освящения Преображенского храма духовенство и гости праздника проследовали в Никольский собор обители, где в сослужении духовенства монастыря Рогачёвского и Дмитровского благочиний епископ Роман совершил Божественную литургию.

Из книги: "Православные святыни Подмосковья. Николо-Пешношский мужской монастырь"