Ещё в 1811 г. градоначальник Феодосии Броневский ассигновал из городских сумм 1000 руб. на устройство музея, который помещён был в небольшой каменной мечети, оставленной татарами, а впоследствии обращённой в лютеранскую кирху: здесь хранились преимущественно генуэзские надписи. С 1871 г. существует за городом, на возвышенном месте, особое здание для музея, построенное феодосийским урожденцем, известным профессором академии художеств, академиком, тайным советником Иваном Константиновичем Айвазовским на сумму, собранную в Петербурге от выставки его картин. Оно разделено на 2 половины: в одной - помещение для музея, в другой - часовня с иконою св. ап. Петра в память кавказского героя - генерала Петра Котляревского. В первой хранятся преимущественно предметы генуэзского владычества: гербы, надписи, барельефы, амфоры, статуи, медали, монеты и пр.; в последней совершается Богослужение на праздник св. ап. Петра и Павла (29 июня) и в самый праздник.