С начала 1990-х г.г. Троицкий храм начали восстанавливать. После периода разрухи храм находился в плачевном состоянии, работы по его восстановлению предстояли очень непростые. Храм находится на берегу реки, необходимо было провести изыскания по состоянию фундамента, проверить пригодность грунтов под нагрузку. Кстати, после проведённой по всем правилам экспертизе, выяснилось, что под остатками фундамента грунт для опоры годится, и даже больше - подходит по всем требованиям. А вот немного левее, правее, дальше к реке совсем другая ситуация. Так что наши предки с выбором места для храмоздания оказались очень точны.
А вот с фундаментом колокольни возникли проблемы, он оказался слабоват, и были проведены работы по усилению, армированию площадки под колокольню, дополнительному креплению к фундаменту храма. В сложных инженерных ситуациях строителей консультировала Хлыбова Вера Павловна, главный специалист многофункционального каркасного строительства.
Новый облик храма предполагал фигурную каменную кладку, с ответственной работой каменщиков. Архтектор Анатолий Михайлович Кривцов буквально каждое утро приходил с проверкой и если кладка предыдущего дня не подходила для облика храма, то Анатолий Михайлович требовал разбора кладки! В спорных ситуациях обращались к отцу Евгению, его совет рабочими принимался и всё исполнялось в лучшем виде. Вообще трудно оценить как много сделал отец Евгений для Троицкого храма, ведь храм строится с молитвой, с Божией помощью, в основном на народные пожертвования. Так что многие прихожане внесли свою лепту, положили буквально свой кирпич при строительстве, а духовным наставником в этом Благом деле был батюшка.
Кстати, когда строили купола над храмом, был применён прогрессивный метод расчёта на нагрузку, позволивший точно просчитать нагрузки на своды, избежать излишних ненужных затрат. Такой метод расчёта куполов для города оказался новшеством, а вот в Казани именно так и рассчитывают. В Казани же и спроектировали сами купола. Расчет крепежа креста был проведён Ершовой Татьяной Александровной, главным специалистом промпроекта. Позже был создан фотоальбом, на страницах которого были представлены этапы работ по восстановления храма. Этот альбом был подарен архитектором Анатолием Михайловичем Кривцовым настоятелю протоиерею Евгению Кутырёву в честь завершения восстановления храма.
17 мая 2003 г. архиепископ Йошкар-Олинский и Марийский Иоанн освятил престол нижнего храма во имя святителя Николая Чудотворца.
25 сентября 2004 г. совершилось поднятие куполов с крестами на храм. Это технически сложное мероприятие стало возможным благодаря руководству ООО «Волгатрансгаз» (Помарское ЛПО), предоставившему 60-тонный подъемный кран с 45-метровой стрелой. Глубоко символичным стало то, что поднятие куполов совершилось незадолго до празднования Воздвижения Креста Господня. «Воздвижение куполов и крестов имеет как внешнее значение – законченность формы храма, так и внутреннее духовное значение, – отметил архиепископ Иоанн. – Купол символизирует горение и молитву верующих к Богу, Крест же – оружие непобедимое, на котором зиждется наше спасение. Взирая внешними и внутренними очами на эти символы, христианин не просто проникается благоговением перед подвигом Господа на Кресте, но и возрождается духом, укрепляется в вере».
Расположенный на втором этаже главный престол в честь Святой Троицы был освящен 25 мая 2008 г., чин освящения провёл Владыка Иоанн. Воистину этот день был днем радости и ликования у православных. Целых 13 лет понадобилось для того, чтобы находящийся в руинах храм Воскрес, как четверть тысячелетия назад и стал жемчужиной города на берегу Кокшаги.
В период восстановления храма с 2003 г. на первом этаже совершалась Литургия, читались акафисты, служились молебны с водосвятием. После освящения верхнего храма в честь Святой и Живоначальной Троицы в 2008 г., литургию стали служить и на втором этаже, но храм ещё не был расписан. На сегодняшний день росписи украшают интерьер храма.
В 2011 г. произошло ещё одно памятное событие: был освящён придел в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, в нём была размещена крестильня, крещения проходят почти еженедельно.
http://troitsky.cerkov.ru/main-page/istoriya-nashego-xrama/