В 2006 году администрация Первомайского муниципального района приняла решение о передаче обители в ведение Ярославской епархии Русской Православной Церкви для восстановления. В настоящее время монастырь функционирует как архиерейское подворье. К 2013 году в братском корпусе монастыря был освящен домовый храм во имя Серафима Саровского.
Во вторник, 15 января 2013 года, в бывшем Рождества Богородицы Исаковом монастыре почтили память преподобного Серафима Саровского. Домовый храм в честь этого святого был освящен в братском корпусе монастыря. За годы советского лихолетья обветшала и провалилась кровля над храмом, но милостью Божией, по молитвам преподобного, устояли стены храма, кое-где сохранились росписи, фрагменты орнамента.
В 2016 году специально для обители была написана икона Рождества Пресвятой Богородицы, которая была доставлена в монастырь с крестным ходом. В день перенесения мощей Иоанна Златоуста 9 февраля 2019 года епископ Рыбинский и Даниловский Вениамин (Лихоманов) освятил колокола новой звонницы обители.
http://rybeparhia.ru/galereya-66.html