В 1887 году эта церковь сгорела. Сгорело и несколько домов, в т.ч. дома церковнослужителей. Но уже через два года на средства крестьянина Н. Томилова была построена новая церковь и освящена 3 декабря 1889 года также во имя святителя Николая. Новое здание церкви и колокольни было также деревянным. С 1890 по 1892 год священником в Култуке был Николай Алекринский, с 1893 по 1916 год - Иннокентий Чуринов.
В 1903 году были сооружены пристрои к церкви, что придало храму вид креста. В 1907-1908 гг. церковь была отремонтирована, подправлена позолота иконостаса и приобретено 10 икон. Большое внимание о. Иннокентий уделял церковному образованию. При нем церковь купила под школу дом у местного жителя Шушакова. В школе, кроме самого Иннокентия Чуринова, преподавала учительница Арина Ивановна Медведева. В 1902 году было построено новое специализированное здание церковно-приходской школы. Помещение было светлое, с большими окнами и красивым парадным входом. Эта школа прослужила для обучения детей до 1980 года. Последним священником Култукской церкви был И. Эпов.
После революции печальная участь многих православных церквей не обошла и Култукскую церковь. Часовни на берегу Байкала и возле Тункинской дороги были уничтожены. Колокольня и пристрой церкви разобраны на бревна для строительства домов. История Култукской Свято-Николаевской церкви тесно связана с историей Слюдянской Свято-Никольской церкви. Эти две церкви являлись близкими соседями, носили имя одного святого, обе стояли почти на самом берегу Байкала. Пока православные култукчане являются прихожанами Слюдянской церкви, так как не имеют своей. В настоящее время уже ведутся работы по строительству новой церкви в поселке.
http://nicolaslud.prihod.ru/