Деревня Большие Кольки (эст. Suur Kolkja) расположена на берегу Чудского озера. Первые письменные сведения о ней относятся к 1592 году (Kolko). О населении деревни в XVIII в. имеются сведения в подушной ревизии имения Алацкиви в 1782 году. В 1802 г. в деревне отстроили деревянную моленную. В связи с гонением на старообрядческую веру в середине 1830-х годов из моленной были изъяты старинные книги, которые были отосланы в Духовную консисторию в Псков.
Поскольку старая моленная долгое время стояла запечатанной, она пришла в негодность. Новую деревянную моленную староверы поморского согласия построили в Больших Кольках в 1877 году, хотя официально разрешили ремонтировать и строить новые молельни только в 1883 году. Новую моленную украшали старинные иконы из собрания семьи Бараниных. В 1891 году попечитель молельни Гурьян Федорович Баранин ходатайствовал об обновлении молитвенного дома и получил разрешение обшить тесом молельню без изменений общего вида.
12 мая 1907 г. Колецкая поморская старообрядческая община была зарегистрирована Лифляндским губернским правлением. В Эстонской Республике общинa прошла перерегистрацию в 1926 и 1936 гг. В советское время община была зарегистрирована под именем Колецкая Старообрядческая община 16 февраля 1945 г. С начала 1990-х годов началось возрождение общинной жизни в Колкьях. В 1998 г. был организован небольшой музей старообрядческого быта.
В 2008 году к храму пристроена колокольня, увенчаная крестом. Глав нет, на восточном фасаде – накладной крест. В молитвенном помещении плоский потолок, иконостас устроен в виде трех полок с иконами.