Первые сведения о деревне Рублёво относятся к 1620 году, когда она была во владении влиятельного боярина Бориса Михайловича Лыкова. За свою историю деревня сменяла многих владельцев. На рубеже XIX-XX веков последней владелицей Рублево стала помещица Софья Николаевна Карзинкина. Тогда деревня находилась в Хорошёвской волости Московского уезда. В 1901 году вблизи деревни Рублёво, на правом берегу реки Москвы была заложена водоподъёмная станция, снабжающая Москву питьевой водой. Станция сдана в эксплуатацию в 1904 году. Отдельные постройки Рублёвской водоподъёмной станции Московского Городского водопровода и посёлка при ней сохранились до нашего времени.
До 1927 года в деревне Рублёво находились часовня Александра Невского, построенная в 1890 году в память чудесного спасения Императора Александра III на ст. Борки 17 октября 1888 г. и Пантелеимоновская домовая церковь при летней колонии Московского приюта Братства во имя Царицы Небесной (действовала с 1910 г.). Своего приходского храма в Рублёве никогда не было. Деревня находилась в приходе Троицкой церкви села Троицкое-Лыково (ныне в составе района Строгино СЗАО г. Москвы).
История храма в честь иконы Божией Матери «Неувядаемый Цвет» в Рублёве началась в 1998 году. Именно тогда в живописном месте на высоком берегу Москвы-реки по благословению Святейшего Патриарха Алексия II состоялся торжественный молебен с освящением закладного камня. 4 октября 2008 года епископ Бронницкий Амвросий (Ермаков) совершил освящение фундамента и чин закладки храма. Проект храма был разработан архитектором Николаем Борисовичем Васнецовым, правнуком Аркадия Михайловича - родного брата известных русских художников Виктора и Аполлинария Васнецовых. К 2010 году было завершено строительство нижнего храма в честь иконы Божией Матери «Неупиваемая Чаша», освящение которого малым чином состоялось 14 марта 2010 года. С июня 2012 года началось строительство верхнего храма в честь иконы Божией Матери «Неувядаемый Цвет», которое было завершено в декабре 2014 года. Верхний храм был освящен в сочельник Рождества Христова 6 января 2015 года.