Храм во имя Архистратига Божия Михаила. Храм был пожертвован жителями станицы Сахрайской и перевезен в обитель в 1877 году. На сохранившемся в архиве плане храма видно, что при постановке в монастыре к храму была сделана пристройка из келий настоятеля, трапезной, кухни и просфорни. Вся жизнь на первых порах теплилась возле этого храма, и лишь к концу 1877 года был построен начерно первый келейный корпус на 16 человек. Внешне этот храм был очень привлекателен: крыша его была покрыта дранью, над алтарной частью возвышалась маковка с крестом, а стены были оштукатурены и просто сияли белизной. Внутреннее убранство храма было подчеркнуто скромным. В 1923 году храм полностью сгорел.
Храм Преподобного Александра — игумена обители Неусыпающих. Александровский храм находился на 2-ом этаже игуменского корпуса, построенного в 1880 году. Освящен 25 мая 1881 года. Храм в память преподобного Александра имел форму четырехугольника: в длину 12,8 м и в ширину 5,7 м. Он был расписан насельниками обители, они же сработали иконостас. Службы в этом храме совершались только для братии обители. Игуменский корпус, в котором был храм преподобного Александра, представлял собой многопрофильное здание: настоятельские комнаты с прихожей, сенями, коридорами, галереей, кладовой; несколько келий для братии, так же тут были устроены дровник и свечной завод. В период существования спецшколы до 1947 года в бывшем игуменском корпусе, где ранее находился домовой храм в честь преподобного Александра, были устроены классы для обучения детей. В последующем и этого здания не стало.
Храм в честь Успения Божией Матери. Проект Успенского собора был подготовлен в феврале 1880 года. Главный храм монастыря строился 5 лет из камня, добывавшегося в окрестностях обители. Он поражал величественностью и красотой русско-византийского стиля, в котором был исполнен. Двухъярусная колокольня доминировала над горным плато и позволяла любоваться окрестностями монастыря. Размеры собора были внушительными: в длину 57 метров, в ширину – 15,6 м; длина галерей 59,7 м, ширина – 4,3 м. Освящение храма было произведено 20 октября 1885 года. Постройка этого грандиозного собора вместимостью до 3-х тысяч человек явилась отправным моментом начала массового многотысячного паломничества в святую обитель. В соборе находились иконы, присланные в дар и благословения со Святой Горы Афон. Расписан храм был преимущественно братией обители. Игумен Свято-Пантелеимонова монастыря отец Макарий на благословение Михайловой пустыни пожертвовал для обители 8 евангелий, несколько крестов, сосудов и других вещей, необходимых для богослужения, а также часть Животворящего древа Креста Господня и 36 частиц святых мощей угодников Божьих, хранившихся в 3-х искусно изготовленных сребропозлощенных ковчегах.
Храм Преображения Господня на вершине горы Фавор, взорванный и полностью разрушенный в 1946 году. Готовится к восстановлению.
Часовни Свято-Михайло-Афонской Закубанской общежительной мужской пустыни
Часовня Казанской Божьей Матери построена в 2011 году к десятилетию возрождения монастыря. Небольшая кирпичная часовня, полукруглая в плане. Часовня во имя благоверного князя Александра Невского. Часовня имеет свою купель, в которой совершается крещение в теплое время года.
Подворья Свято-Михайло-Афонской Закубанской Пустыни
п. Хамышки. Храм в честь св. мучеников Гурия Самона Авива. Храм освящен Архиепископом Майкопским и Адыгейским Пантелеймоном 01.07.2004 года, престольный праздник 28 ноября. Вблизи находится святой источник в честь иконы Божьей Матери "Живоносный источник". Одна из главных святынь - икона Тихвинской Божьей Матери, которая является копией и освящена на Тихвинской чудотворной иконе Божьей Матери.
ст. Сахрай. Храм в честь св. Пророка и Предтечи Господня Иоанна Крестителя.
п. Береговое. Храм святителя Николая. Подворье Свято-Михайло-Афонской Закубанской Пустыни (мужского монастыря) в с.Береговое г.Геленджик основано в 2006 году по благословению Митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора. Территориально находясь в Екатеринодарской Епархии, подворье входит в состав Майкопской и Адыгейской Епархии, правящим Архиереем которой является Епископ Тихон. С июня 2009 года на подворье регулярно проводятся службы. На подворье поддерживаются традиции Михайло-Афонской пустыни, выражающиеся в богослужениях, в облачениях священнослужителей. 1 раз в месяц совершается Литургия на древне-греческом языке. В храме святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских чудотворца имеются свои святыни - это частички мощей вмч. Варвары, прп. Агапита Киево-Печерского.
Источник Святого Великомученика и Целителя Пантелеимона является одной из главных святынь Свято-Михайловской Афонской Закубанской пустыни. Святой источник был освящен монахами обители в 80-е - 90-е годы XIX века, и с тех пор, вплоть до закрытия монастыря в конце 20-х годов XX века, ежегодно освящался братией монастыря в праздник Крещения Господня.
Интересно отметить, что как во времена турецкого владычества на Кавказе (XIV-XIX вв.), так и во времена правления богоборческой власти коммунистов в ХХ веке, источник не был забыт и заброшен, но пользовался заслуженной славой места, где страждущие могли получить помощь и исцеление как в телесных недугах, так и в душевных скорбях.
http://mihailov-monastir.narod.ru/skit-podvorie-poselok-Beregovoe.html