Первоначальная Никольская церковь стояла на этом месте еще в середине 16 века, до основания монастыря. Она была деревянная, сгорела в 1773 году, во время сильного пожара, от которого пострадал весь город. В камне церковь была восстановлена в 1774 году и сохранилась до наших дней. Небольшая однопрестольная церковь служила зимним храмом Свято-Духова монастыря. После упразднения обители в 19 веке церковь была передана латышскому православному приходу. В 1963 году храм был закрыт, в нем разместился выставочный зал местного краеведческого музея. Иконостас храма был демонтирован, интерьер уничтожен. После возобновления монастыря в 1996 году началось и восстановление Никольской церкви. Храм представляет собой церковь зального типа, с притвором и алтарем прямоугольной формы. Перекрытие помещений – плоское балочное, над ним – высокий чердак.