1 марта 1828 года в четырёх волостях Латгалии было учреждено военное поселение 1-й сапёрной бригады, а в 1836 году поселения переименовали в «округ пахотных солдат». Округ разбили на четыре роты и четыре фольварка - Граверы, Шкелтово, Малинова и Липинишки. В том же 1836 году для каждого фольварка, по распоряжению Департамента военных поселений, были построены по одному проекту православные деревянные церкви размером 8 х 8 метров. В 1858 году «округ пахотных солдат» закрыли, а церкви передали в ведение Полоцкой епархии, в которых были образованы приходы для местного православного населения.

Шкелтовская Николаевская церковь - единственная из 4-х церквей, построенных в 1836 году, сохранила свой первоначальный облик. Церковь построена по распоряжению Департамента бывших военных поселений в 1836 г. До этого же церкви не было. Зданием церковь деревянная, штатная, холодная, требует ремонта. Планов и чертежей на неё не имеется. Колокольня на каменном фундаменте, деревянная, построена в 1848 году с позволения Преосвященного Виктория, епископа Полоцкого и Витебского на соборные деньги. Церковь ремонтировали в 1926 и 1931 годах на средства Синода Латвийской православной церкви. Ближайшие церкви - Граверская в 9 верстах; Липинишская в 15 верстах. Священник - Василий Фёдорович Назаревский, 54 года, священнический сын, род. в городе Козлове Тамбовской губернии. Окончил Смоленскую Духовную семинарию в 1867 г. 11.05.1872 г. рукоположен во священника к Шкелтовской Николаевской церкви Динабургского уезда и служил в ней до внезапной кончины 6 января 1909 года.

Известно, что до 1988 года Шкельтовский св. Николаевский храм обслуживался игуменом Даниилом (Рогачёвым; ныне настоятель Преображенского храма в г. Цесисе). С 1988 по 1994 гг. священником Александром Дворниковым (ныне настоятель Александро-Невского храма в г. Краславе), а с 1994 г. и по настоящее время настоятелем Всехсвятского храма в г. Ливаны священником Михаилом Стойко. В 1996 году, к празднованию 170-летия храма, по благословению Архиепископа Рижского и всея Латвии Александра, трудами отца настоятеля в храме была проведена полная реставрация.

Латв. ГИА, фонд 4754, опись 2, дело 186 за 1900 год, лист 59.