Впервые монастырские сооружения упоминаются в 1598 году в выписке из писцовых книг. Среди самых древних зданий обители называются: церковь Святителя Николая, деревянная, теплый храм Богоявления Господня с приделом Св. мученика Мины, на Святых воротах - церковь Благовещения Пресвятой Богородицы и деревянная колокольня. В пожарах 1661 и 1671 годов все эти постройки были превращены в пепел. Впоследствии судьба была более благосклонна к монастырю, благосостояние его улучшалось. Внимание знатных лиц Московского государства, великих князей и царей позволяло вести масштабное строительство.
Вскоре после пожара 1671 года церковь была отстроена вновь на том же месте. В 1770 году ее "за ветхостью" разобрали и на освободившемся месте воздвигли новую деревянную церковь Богоявления. Просуществовала она до 40-х годов нашего века. В верхней части ее четверика тогда же и была сделана памятная храмоздательная надпись, шедшая вокруг храма: "В 1770 году при державе Благочестивейшия Великая Государыни Императрици Екатерины Алексеевны и при Наследнике Ея Благоверномъ Государе и Великомъ князе Павле Петровиче, и по благословению Преосвященного Антония, Епископа Олонецкаго и Каргопольскаго в бытность в обители сей Игумена Григория". Поскольку Богоявленская церковь была выстроена слишком близко от братских келий и кухни, то в 1800 году по благословению митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского Гавриила ее перебрали и подвинули на деревянных катках к востоку. После этого церковь встала на одну линию с соборным Свято-Николаевским храмом.
Храм Богоявления представлял собой несложную ярусную конструкцию, в основании которой находился высокий четверик. Завершался он последовательно убывающими кверху двумя восьмериками, венчавшимися купольной кровлей, барабаном и луковичной главой. С востока примыкала пятигранная алтарная апсида. Все ярусы храма были прорезаны окнами и составляли единое композиционное пространство. Скромное убранство интерьера составлял иконостас XVIII века, сохранявший и более древние иконы. В XIX столетии храм обшили тесом и покрасили.
Хрусталев М.Ю. Николо-Моденский монастырь: страницы истории / М.Ю. Хрусталев // Устюжна: краевед. альм. – Вологда, 1995. Вып. 3. С. 166-198.