Старинное село Дыдылдино расположено на одном из холмов Теплостанской возвышенности, на левом берегу небольшой речки Купелинка, левого притока Битцы (Москворецкий бассейн). Своё название, как предполагают исследователи, село получило либо от личного имени Дыдылда (то же, что Дылда), либо от фамилии Дыдылдин.
Первые сведения о селе относятся к 1627 году, когда в писцовой книге Дыдылдино значится селом с деревянной церковью во имя Илии пророка. Уже в то время было написано, что она «ветха, обвалилась». А из книг Патриаршего казённого приказа мы узнаем, что в 1631-1632 годах в селе была построена новая церковь во имя того же Илии пророка, и при этом всё село в XVII - первой половине XVIII веков была вотчиной Вознесенского Московского девичьего монастыря. После секуляризационной реформы Императрицы Екатерины II 1764 года, уничтожившая монастырские вотчины, село было отписано в Казну, а крестьяне стали государственными.
В 1745-1748 годах в Дыдылдине была построена новая деревянная клетская ярусная холодная церковь типа "восьмерик на четверике" на каменном фундаменте с колокольней. Посвящение новому храму было дано в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Почему приход храма был переосвящён, из найденных документов установить пока не удалось. В то время в селе проживали 85 душ мужского пола. Новая церковь постепенно ветшала. Приход села Дыдылдина был бедным. Об этом свидетельствуют данные за разные годы XIX века. Именно поэтому прихожане не могли своевременно ремонтировать свою церковь. Менее чем через сто лет со времени постройки храм стал очень остро нуждаться в ремонте. О его необходимости с горечью говорилось в рапорте на имя митрополита Московского и Коломенского Филарета, направленном в декабре 1830 г. благочинным села Остров священником Никифором Багряцким, в котором он, в частности, подчеркивал: "Ведомства моего села Дыдылдино Богородице-Рождественская церковь состоит в ветхости: теча из купола её проходит не только трапезе по обеим передним углам, в церковь по всем четырем углам, но и в самом алтаре на стену, разделяющую оный с церковью…". Исходя из документов, которые находятся в Центральном историческом архиве Москвы, в 1832 году все ветхости были исправлены. В церкви еще более пятидесяти лет возносились молитвы к Богу. В середине XIX века село находилось во 2-ом стане Подольского уезда. Здесь находилось 20 крестьянских дворов, в которых проживало 120 мужчин и 135 женщин. После отмены крепостного права, жизнь в селе так и не наладилась. В 1869 году староста Сухановской волости, описывая состояние села, сделал вывод, что общий характер жизни крестьян в Дыдылдине – "бедность, переходящая в нищенство".
Спустя четверть века положение крестьян в с. Дыдылдино мало чем изменилось. В частности, в "нижайшем прошении" в декабре 1894 года на имя митрополита Московского и Коломенского церковный староста и прихожане, прося благословления на строительство нового храма, писали, что деревянная церковь требует ремонта, а средств на это нет, "потому что приход наш малочислен (душ мужского в настоящем году числится 162, а женского 169) и состоит из одних крестьян – людей небогатых". Именно тогда, по Промыслу Божьему, произошло своего рода чудо - появился человек, который "видя крайнюю нужду и скудность, решился единолично взяться за это святое дело". Он предложил на свои средства построить в приходе вместо ветшавшей деревянной церкви новый каменный храм. Это был кандидат коммерции, служивший директором конторы "Саввы Морозова и Ко" Иван Андреевич Колесников, купивший небольшое имение в сельце Пронино данного прихода. 30 августа 1896 года новый храм Донской иконы Божией Матери был освящён митрополитом Московским и Коломенским Сергием.
Понимая, что местные ребятишки "не имея ни теплой одежды, ни обуви" не могли посещать школы в других населённых пунктах, в 1898 году стараниями жены И. А. Колесникова Ксении Федоровны в селе была открыта церковно-приходская школа.
После строительства в селе Донской церкви, старый деревянный храм стал приписным. К 1930 году приход был закрыт. 27 марта 1933 года президиум исполкома Ленинского райсовета принимает решение "согласиться с решением граждан сельского Совета об использовании каменной церкви под колхозный клуб, а деревянную разобрать для использования лесоматериала на ремонт школы и избы-читальни". Вскоре это решение было исполнено. В настоящее время о деревянном храме напоминает лишь только старое сельское кладбище, на территории которого он стоял.
16 марта 1992 года власти разрешили открыть сохранившийся каменный храм, первая служба в котором состоялась на Покров Пресвятой Богородицы, 14 октября 1992 года. Более чем десятилетний труд по восстановлению храма увенчался его Великим освящением. 10 апреля 2005 года архиепископ Можайский Григорий освятил каменный храм в честь Илии Пророка.