После покорения Прузы турками всему немусульманскому населению запретили селиться внутри городской стены (хисара). Вследствие этого образовалось несколько новых торговых и ремесленных кварталов.

Греческое население было сосредоточено в трех кварталах, находившихся вблизи крепостных стен: Балык-Пазар (между базаром и крепостью, к северо-востоку от стены, под мавзолеями султанов Орхана и Османа), Кайя-Баши (к западу от городской стены, между крепостью и гробницами султана Мурада II и членов его семьи) и Демиркапы (к юго-западу от квартала Кайя-Баши, выше по склону Олимпа Вифинского). В каждом из кварталов исторически существовал свой храм.

Храм в Кайя-Баши был построен в 1787 г. при митрополите Анфиме, после того, как предыдущее строение обрушилось в том же году. В конце XVIII в. настоятелем здесь служил свщмч. Захария Прусский. Он был иеромонахом, но страдал пороком пьянства. В 1801 г. он, будучи в состоянии опьянения, объявил себя мусульманином, но позднее раскаялся в отречении от Христа. В суде, где он присутствовал по делу о взыскании долга с некоей вдовы, его обвинили в том, что он плохой мусульманин, раз употребляет вино. В ответ Захария признался, что он вовсе не мусульманин и растоптал свой тюрбан. Мусульманские судьи и начальники предлагали ему разные посулы, чтобы он отказался от своих слов, а в противном случае грозили ему смертью за вероотступничество. Тем не менее, на этот раз Захария остался тверд в своей вере и после пыток он был обезглавлен 28 мая 1802 г. Возле его мощей начали происходить чудеса, и по распоряжению митрополита Анфима они были тайно перенесены в храм в квартале Демиркапы.

При храме действовала школа, а также имелось небольшое греческое кладбище (сейчас на его месте парк и постройки).

После греко-турецкого обмена населением приход Кайя-Баши оказался заброшен. В здании одно время располагался табачный склад, а потом прилегающая территория отошла воинской части, и в храме действовал склад военного имущества.

Здание сильно обветшало, крыша его полностью рухнула, но внутри сохраняются элементы отделки. Проход к зданию невозможен, поскольку оно находится на территории части.