Построена в 1760 г. на деньги мещан. Находилась на территории, где в настоящее время расположен городской рынок, за водонапорной башней. По переписи показана как церковь Рождества Христова (её первое посвящение), с приделом в честь вмч. Варвары. По этой же переписи при храме имелась школа, где преподавал дьячок, богадельня за крепостью города, двор братский в самой городовой крепости близ звонницы". Усадебная земля двора церкви была утверждена универсалом полковника Миклашевского в 1695 году.
После пожара 1781 г. в пепле сгоревшей церкви был найден образ великомученицы Варвары и в честь ее на месте пепелища был построен деревянный храм святой Варвары. Он предоставлял собой высокий (до 30 м) деревянный однокупольный храм, в три яруса, с широкими окнами. Вход в него осуществлялся через выдвинутую деревянную звонницу.
К сожалению, Варваринская церковь сгорела в 1936 г. Уборщица Мельниченко (Журавок) Пелагея затопила печь в церкви. Возле печки лежал коврик. Она пошла на время домой. Головешка упала из печки на коврик и тот загорелся, загорелось и помещение церкви. Пелагея Журавок прибежала к церкви, которая уже сильно горела, дул сильный ветер и искры и головешки от пожара летели через улицу Советскую в реку Десну. Пелагея успела выхватить из огня икону Божьей Матери и позже принесла её в Воскресенскую церковь. Варваринская церковь, несмотря на усилия пожарных команд (одной из г. Шостки), полностью сгорела.
В настоящее время на её месте пустырь возле водонапорной башни.
Источник: http://www.nsgrad.com/nasled/cerkvi-goroda/varvinskaya-cerkov