В 1840 году пустынская братия обратилась к настоятелю Кирилло-Белозерского монастыря Рафаилу с прошением о восстановлении самостоятельности их обители, и вскоре решение об этом было принято указом Святейшего Синода от 31 декабря 1850 года. Нило-Сорскую пустынь восстановили как заштатный общежительный монастырь.
Иеромонахом Никоном было положено начало каменному строительству в Нило-Сорской пустыни. Первый каменный храм в честь Тихвинской иконы Богоматери заложили на месте разобранных церквей Сретенья Господня и Иоанна Предтечи. Во время работ были обнаружены нетленные мощи - вероятно самого преподобного Нила. Иеромонах Никон оставил для перезахоронения после постройки храма. По неискушенности он не сообщил о находке по инстанциям и поплатился, по доносу о «скрытии мощей», лишением священства и права ношения монашеской одежды на год, а также ссылкой в Валдайский Иверский монастырь.
Строительство продолжалось уже при другом настоятеле. Пятиглавый Тихвинский собор, состоящий из теплой и холодной церквей с приделами, строился в течение 1841-1854 годов. Храм украсили новые барочные иконостасы, настенная живопись. В холодной церкви близ юго-восточного придела преподобного Нила на месте деревянной раки установили новую, с чеканными изображениями на серебряных накладках сцен из жизни основателя монастыря. В обители также хранилась власяница преподобного Нила. К теплой церкви главного храма примыкала колокольня.
В северной части монастыря стоял двухэтажный настоятельский корпус, построенный в середине XIX столетия. Монастырь окружала каменная ограда с четырьмя башнями. В ограде размещались кельи, трапезная, различные службы. Над святыми воротами в 1860-е годы была возведена церковь Покрова Пресвятой Богородицы где была поставлена деревянная рака, в которой мощи преподобного хранились прежде.
https://monasterium.ru/monastyri/monastery/muzhskoy-monastyr-nilo-sorskaya-pustyn-m-pustyn/
За вторую треть века сложился совершенно новый архитектурный облик Нило-Сорского монастыря. В 1854 году достроили каменный собор, начатый в 1841-м. Строительные работы, несмотря на достаточное количество средств, велись медленно и трудно. В1852 году они были приостановлены из-за трещин в двух передних столбах. Своды почти уже отстроенного собора рухнули как раз над ракой преподобного Нила, их пришлось переделывать заново. Собор состоял из двух церквей: теплой — во имя Сретения Господня с приделом святителя Н иколая Чудотворца и холодной — во имя Тихвинской иконы Божией Матери с южным приделом преподобного Нила Сорского и северным - апостолов Петра и Павла. Отныне изменилось и посвящение Нило-Сорского монастыря — он стал называться Тихвинским. С западной стороны к Тихвинскому собору примыкала колокольня и ризница. В 1863-1866 годах на средства иеросхимонаха Никона и доброхотные пожертвования над Святыми вратами монастыря построили каменную церковь Покрова Божией Матери.
