В 1867 г. в пустыни была закончена начатая иеромонахом Самуилом в 1855 г. постройка новой каменной церкви под железной кровлей с двумя престолами: по правую сторону престол во имя Трех святителей, а по левую — во имя св. мученицы Софии и трех дщерей её Веры, Надежды и Любови. Церковь построена иждивением московского почетного гражданина Григория Сергеева Васильева. 

В 1918-1919 годах обитель была закрыта, а имущество передано в ведение Уотсобесов и землеотделам. Обитель разорили, а монахов выгнали. Спасо-Преображенский Пронский мужской монастырь 95 лет не значился среди монастырей Русской Православной Церкви. В 1940-е годы в зданиях монастыря был размещен детский дом, затем Пронская специализированная (коррекционная) школа-интернат, существовавшая от времён окончания Второй мировой войны. Размещение детей-сирот, оставшихся без попечения родителей, помогло сохранить здания обители от полного разрушения, хотя и не в первоначальном виде. Не сохранились два храма обители: на месте Троицкого построили дом, а Свято-Духовский на третьем этаже братского корпуса был снесён; Трехсвятский храм «обезглавили», снеся барабан и купол, и переоборудовали в жилое помещение. После коррекционного интерната в помещениях монастыря расположился православный лагерь детского образовательного центра «Пронюшка».

В феврале 2011 года, по благословению правящего архиерея Рязанской епархии, началось возрождение древней Пронской святыни, она приобрела статус Архиерейского подворья. В октябре 2013 года по решению Священного Синода был вновь открыт Спасо-Преображенский Пронский мужской монастырь.

Пронскиймонастырь.рф