Обитель начала возрождаться в 2000 году. В 2001 года создан попечительский совет возрождающегося монастыря. Церковь Святой Живоначальной Троицы до 1791 года была деревянной. Находилась на территории Благовещения Пресвятой Богородицы Никандровой пустыни. После пожара этого года она в 1801 году восстановлена уже из кирпича. Одновременно с церковью, по бокам её, построены два братских корпуса.

В XIX веке Никандрова пустынь была одной из первых обителей Псковской епархии. В 1801 году в монастыре завершено строительство каменной церкви Святой Троицы вместо сгоревшей деревянной. По прошению архимандрита Геннадия указом Святейшего Синода 26 февраля 1802 года разрешено построить каменную церковь на монастырском кладбище. Само кладбище находилось «по правую сторону обители, где продолжается монастырского строения каменная стена». Площадь кладбища составляла 127 саженей. Кладбище было обнесено каменной оградой с шестью небольшими башнями. В 1804 году строительство церкви на кладбище было завершено. Архимандрит Геннадий просил Синод разрешить освятить эту церковь во имя Геннадия Патриарха Цареградского. Указ Святейшего Синода с соответствующим разрешением последовал 20 октября 1804 года. Однако, согласно документам 1915 года, на кладбище была деревянная церковь во имя Святых Кирилла и Мефодия, построенная в 1890 году, а церковь Святого Геннадия Патриарха Цареградского находилась на территории пустыни.

http://i-nventory.ru/index.php?id=329