К моменту возникновения Адмиралтейства Указом Петра I от 31.01.1708 г., в деревне Бишбалта, отстоявшей от города Казани на 7-8 верст, было всего 205 жителей, мусульманского вероисповедания. Но уже в течение короткого периода времени, во исполнение царских указов, Адмиралтейство разрастается до 600 чел. – офицерами, матросами, корабельными мастерами и вольнонаемными работниками- плотниками, столярами, кузнецами и другими. Безусловно, при появление такого количества русских православных возникла необходимость построения храма недалеко от судостроительной верфи. Почти на берегу Казанки, недалеко от часовни над общей могилой русских воинов, павших при взятии Казани в 1552 году, для работников Адмиралтейства и моряков была построена небольшая каменная однопрестольная церковь, освященная во имя св. великомученицы Екатерины, небесной покровительницы российской императрицы Екатерины I, правящей в это время.
В 1835-36 гг. на средства купца Сергея Егоровича Павлова была возведена новая каменная теплая трехпрестольная церковь. Главный престол в честь Боголюбской иконы Божией Матери, приделы - с правой стороны во имя св. вмч. Екатерины, с левой — во имя св. Николая Чудотворца.
При церкви в октябре 1874 архиепископом Казанским и Свияжским Антонием была освящена богадельня, учрежденная казанскою 1-й гильдии купчихою Екатериною Сергеевною Прибытковою в память умерших её родителей Сергея Егорова и Евдокии Никоновной Павловых. Богадельня предназначалась не могущим пропитывать себя собственными трудами престарелых лиц женского пола и находилась в каменном 2-х этажном доме возле ограды Боголюбской церкви. 9 апреле 1894 при храме состоялось торжественное открытие воскресной школы для лиц обоего пола.
На 1904 г в приходе 95 дворов, жителей - 571, русские, православные. Священник Никонор Михайлович Крестников, 42 лет.
Участь закрытия большинства храмов в 1929-1930-х годах не обошла стороной и Боголюбскую церковь. По ней, одной из первых церквей в Казани, 8 апреля 1929 года Президиум ТатЦИКа принимает резолюцию, аргументируя тем, что в Заречном районе имеется достаточное количество церквей для обслуживания верующих, что в непосредственной близости имеется еще две церкви - Макарьевская и Смоленско-Дмитриевская, - договор расторгнуть, церковь закрыть и разобрать, строительный материал использовать на постройку школы и бани в Заречье.
Еще почти полгода документы о закрытии церкви ходили по инстанциям, пока 7 сентября 1929 года НКВД не поставили заключительную точку о закрытии церкви. В 1930 году церковь была разобрана и о ней остались лишь воспоминания. А в 1958 году в здании, построенном на месте Боголюбского храма, разместился казанский речной техникум.
Из каталога-справочника: В. Гранковский "Унесенные революцией. Храмы Казани, утерянные и восстанавливаемые (1917-2020)". - Казань, 2021 г.